Nadat ze de grootste zaak in de geschiedenis van Zootopia hebben opgelost, ontdekken beginnende agenten Judy Hopps en Nick Wilde dat hun partnerschap niet zo solide is als ze dachten wanneer politiechef Bogo hen opdraagt deel te nemen aan het Partners in Crisis-counselingprogramma. Maar het duurt niet lang voordat hun partnerschap op de proef wordt gesteld wanneer ze op het kronkelige spoor van een mysterie terechtkomen dat verband houdt met de komst van een giftige slang in de dierenmetropool.