X-Men '97 volgt het iconische mutantenteam terwijl zij opnieuw de wereld proberen te beschermen in een tijd vol chaos en onzekerheid. Na het verlies van hun mentor Charles Xavier moeten de X-Men hun plek zien te vinden in een samenleving die mutanten nog altijd met wantrouwen bekijkt. Tegelijkertijd duiken nieuwe vijanden en gevaarlijke bedreigingen op, waardoor het team alles op alles moet zetten om zowel de mensheid als zichzelf te redden. De animatieserie bouwt voort op de geliefde jaren 90-serie en combineert nostalgische actie met nieuwe verhaallijnen en bekende personages als Wolverine, Cyclops, Storm, Rogue en Magneto.
Het eerste seizoen van X-Men '97 laat zien hoe de wereld verdergaat na het vertrek van Charles Xavier. De X-Men proberen onder leiding van Magneto hun plek te vinden in een samenleving die mutanten nog altijd vreest en wantrouwt. Terwijl oude vijanden terugkeren en nieuwe dreigingen ontstaan, komt het team voor grote uitdagingen te staan die niet alleen hun onderlinge band, maar ook de toekomst van mens en mutant op het spel zetten. Het seizoen combineert nostalgische actie uit de klassieke animatieserie met moderne thema’s, spectaculaire gevechten en emotionele verhaallijnen rond bekende personages als Wolverine, Cyclops, Rogue, Storm en Jean Grey.
De serie volgt opnieuw het legendarische mutantenteam, dat verspreid raakt over verschillende tijdperken en wanhopig op zoek is naar een weg terug naar huis. Terwijl in de jaren 90 nieuwe dreigingen opduiken, groeit na de verdwijning van de X-Men ook de vijandigheid tegenover mutanten steeds verder.