In het Japan van 2029 ziet de cyborg Motoko Kusanagi een speciale eenheid voor zich, die opkomende bedreigingen preventief in de kiem smoort. Daisuke Aramaki scout haar en haar team voor sectie 9, oftewel de 'Shell-eenheid'. Bij een samenzwering lijkt de hacker 'de Poppenspeler' betrokken te zijn. Wat staat Kusanagi te wachten? En wat wil de hacker? Een nieuw tijdperk van cyberpunkactie begint!