Dexter: Original Sin speelt zich af in het Miami van 1991 en volgt Dexter (Patrick Gibson) op zijn reis van student naar meedogenloze seriemoordenaar. Wanneer hij zijn bloeddorstige impulsen niet langer kan ontkennen, moet Dexter leren zijn innerlijke duisternis onder controle te krijgen. Onder begeleiding van zijn adoptievader Harry (Christian Slater), leert Dexter een code aan die hem moet helpen om mensen te vinden en te doden die het verdienen om uit de samenleving te worden geëlimineerd, zonder de aandacht te trekken van de politie. Dit blijkt een behoorlijke uitdaging te zijn voor de jonge Dexter wanneer hij aan een forensische stage begint bij het Miami Metro Police Department.