Acht jaar geleden viel Citadel. Het onafhankelijke wereldwijde spionageagentschap - belast met het handhaven van de veiligheid van alle mensen - werd verwoest door agenten van Manticore, een machtig syndicaat dat de wereld manipuleert in de schaduw. Bij de val van Citadel werd het geheugen van elite-agenten Mason Kane (Richard Madden) en Nadia Sinh (Priyanka Chopra Jonas ) gewist toen ze ternauwernood ontsnapten aan de dood. Sindsdien blijven ze verborgen, bouwen een nieuw leven op onder nieuwe identiteiten, zich niet bewust van hun verleden. Tot op een nacht, wanneer Mason wordt opgespoord door zijn voormalige Citadel-collega, Bernard Orlick (Stanley Tucci), die zijn hulp hard nodig heeft om te voorkomen dat Manticore een nieuwe wereldorde vestigt. Mason zoekt zijn voormalige partner Nadia op, en de twee spionnen beginnen aan een missie die hen over de hele wereld voert in een poging om Manticore te stoppen, terwijl ze te maken hebben met een relatie die gebaseerd is op geheimen, leugens en een gevaarlijke, maar eeuwige liefde.