Bones

Een dramatische serie over een vrouwelijke forensisch antropologe die ingrijpt om misdaden op te lossen wanneer andere methoden falen. Gebaseerd op het waargebeurde werk van Kathy Reichs.

Een autobom explodeert voor een drukbezocht café, waarbij de bestuurder en een aantal cafébezoekers om het leven komen en anderen gewond raken. Omdat de auto geregistreerd stond op naam van een prominent man uit het Midden-Oosten met banden met de Amerikaanse overheid, roept agent Booth de hulp in van dokter Brennan om de bestuurder te identificeren.

Wanneer het ontbindende lijk van de zoon van de Venezolaanse ambassadeur hangend aan een boom op de campus van een exclusieve privéschool wordt gevonden, worden Dr. Temperance Brennan en Agent Seeley Booth ingeschakeld om de zaak te onderzoeken. De doodsoorzaak lijkt zelfmoord te zijn, maar zowel Brennan als Booth vermoeden dat er een andere doodsoorzaak in het spel kan zijn.

Wanneer een menselijke arm in de maag van een zwarte beer wordt gevonden, reizen Brennan en Booth naar de staat Washington om de zaak te onderzoeken. Ze doorzoeken een klein stadje naar aanwijzingen en ontdekken dat er sprake is van ritueel kannibalisme. Nadat een symbool wijst op het beroep van de verdachte, beseffen Brennan en Booth dat er soms meer achter een autopsie schuilgaat.

Brennan concludeert dat Charlie seksueel is misbruikt voordat hij werd vermoord, wat Booth doet vermoeden dat ze op jacht zijn naar een seriemoordenaar. Wanneer de hoofdverdachte is uitgesloten, brengen Booth en Brennan een hartverscheurend bezoek aan Charlies moeder, Margaret, om haar te vertellen dat Charlies moordenaar nog steeds op vrije voet is.

Wanneer Brennan en Angela in een vechtpartij in een nachtclub terechtkomen, trapt Brennan iemand tegen een muur, waardoor de muur openbreekt en een gemummificeerd lijk en een voorraad methamfetamine tevoorschijn komen.

De ter dood veroordeelde Howard Epps zal over 32 uur door middel van een dodelijke injectie worden geëxecuteerd voor de moord op de 17-jarige April Wright. Epps' advocaat, Amy Morton, doet op het laatste moment een beroep op Booth, de man die Epps arresteerde, om de zaak opnieuw te bekijken. Booth is ervan overtuigd dat Epps schuldig is, maar erkent dat er nog een aantal losse eindjes in de zaak zitten.

Brennans voormalige professor in forensische antropologie – en ex-geliefde – Dr. Michael Stires, verrast haar met een bezoek aan haar lab in het Jeffersonian, terwijl hij in de stad is voor een sollicitatiegesprek. Terwijl ze plannen maken om die avond samen te eten, rijdt Booth een vieze koelkast binnen, waarin de ontbindende resten van een jonge vrouw te zien zijn.

Bouwvakkers vinden een skelet in een oude schuilkelder uit de jaren 50 en het Jeffersonian Institute wordt ingeschakeld om de overblijfselen te identificeren. Wanneer Zack in het bot snijdt, laat hij per ongeluk sporen van de dodelijke schimmel Valley Fever vrij, waardoor het team tijdens de kerstdagen in quarantaine in het lab moet. Terwijl iedereen probeert de kerstsfeer erin te houden, stort Brennan zich op het oplossen van het mysterie van de schuilkelder.

Brennan en Booth gaan naar Los Angeles om de zaak te onderzoeken.

Wanneer het verbrande lichaam van een vrouw wordt gevonden in een auto met aanwijzingen dat haar kind is ontvoerd, verdenken Brennan en Booth de vader, Carl Decker. Maar de zaak wordt gecompliceerd wanneer blijkt dat Decker in het getuigenbeschermingsprogramma zit. Over twee dagen moet hij voor een jury getuigen dat zijn bedrijf defecte kogelwerende vesten naar Irak heeft gestuurd.

FBI-agent Seeley Booth schakelt de hulp in van dokter Temperance Brennan wanneer een ontbonden lichaam wordt gevonden in een steegje en de doodsoorzaak onbekend is. Terwijl Brennan probeert vast te stellen of er sprake is van een moord, raakt ze steeds meer betrokken bij de zaak en is ze vastbesloten Booth te helpen de moordenaar van de tiener te vinden.

Booth en Brennan onderzoeken een zaak wanneer een Salvadoraans bendelid wordt aangehouden met het opgegraven lijk van een jonge vrouw in de kofferbak van zijn auto. Ze vinden de begraafplaats van de vrouw, maar wanneer ze haar lege graf onderzoeken, ontdekken ze een tweede leeg graf. Aanwijzingen leiden hen naar het huis van een rijke senator en het onderzoek wordt steeds ingewikkelder omdat niemand de waarheid wil vertellen.

Brennan en Zack worden naar de crashlocatie geroepen van een klein vliegtuigje met Chinese diplomaten en een mysterieuze vrouwelijke passagier aan boord. Op de plek des onheils ontdekt Brennan drie kleine botfragmenten die niet van het vliegtuig afkomstig zijn en mogelijk verband houden met een lokale man die vijf jaar eerder vermist raakte. Nadat Dr. Goodman de rechercheurs opdraagt zich volledig te concentreren op de zaak van de Chinese diplomaat, duikt Jesse Kane, de zoon van de vermiste man, op. Hij is ervan overtuigd dat de botfragmenten van zijn vader afkomstig zijn. Brennan en de rechercheurs proberen een mysterieuze moord op te lossen waarbij een sluwe jonge vrouw en een lokale onderhoudsmedewerker betrokken zijn, terwijl ze Goodman in het ongewisse laten. Naarmate het forensisch bewijs zich opstapelt, moet Brennan de mogelijkheid overwegen dat Jesse iets met de dood van zijn vader te maken heeft.

Wanneer Brennan op het punt staat haar online date voor het eerst te ontmoeten in een lokaal restaurant, ontsnapt ze ternauwernood aan een schietpartij. Samen met Booth probeert ze de man te vinden die haar online heeft proberen te vermoorden. Was het de man die ze online had ontmoet? Of is het iemand die verbonden is aan een van de twee lichamen die ze onderzoekt: het slachtoffer van een maffia-aanslag en het slachtoffer van een seriemoordenaar? Brennan laat zich niet ontmoedigen en staat erop alle onderzoeken voort te zetten, terwijl Booth haar trouw blijft – totdat hij zelf het slachtoffer wordt van een bomaanslag op Brennans koelkast. Booth wordt in het ziekenhuis opgenomen en Brennan krijgt bescherming van FBI-agent Kenton, maar die bescherming is niet genoeg en Booth moet alles op alles zetten om Brennans leven te redden.

Wanneer de stoffelijke resten van een jonge documentairemaker worden gevonden in een ventilatieschacht in een ondergrondse tunnel in Washington, DC, moeten Brennan en Booth zich wagen in het doolhof van tunnels onder de stad. Daar ontdekken ze tot hun verbazing een wereld van opvangcentra voor daklozen onder de grond. Aanwijzingen doen hen vermoeden dat een man die ondergronds woont betrokken is bij de moord, maar in plaats daarvan geeft hij hen waardevolle informatie over het doel van het ondergrondse project van het slachtoffer.

Tijdens een vakantie in de woestijn neemt Angela contact op met Brennan om haar hulp te vragen bij het identificeren van een schedel. Ze vreest dat het de schedel van haar vriend Kirk is, die voor een fotoshoot is vertrokken en al een paar dagen vermist is. De schedel wordt naar het laboratorium gestuurd, waar Zack en Hodgins bevestigen dat het slachtoffer is overleden aan een schotwond, sporen van peyote in zijn haar had en, helaas, Kirk is. Booth denkt dat de moord drugsgerelateerd is, maar het onderzoek leidt hen naar een vervalsingsbende midden in de woestijn.

Wanneer een lijk wordt gevonden dat een 300 jaar oud vingerbotje vasthoudt, leidt het onderzoek van Booth en Brennan hen naar een duikplek voor de kust van Assateague Island, waar mogelijk een piratenschat begraven ligt. Het onderzoek onthult de mogelijkheid dat de skeletresten door een verrassende dader met een egoïstisch motief op de duikplek zijn neergelegd.

Als Brennan wakker wordt in de badkamer van haar motelkamer, weet ze niet hoe ze daar terecht is gekomen.

Booths baas wacht vol spanning op informatie van de artsen over de doodsoorzaak van zijn dochter.

Booth en Brennan onderzoeken de ogenschijnlijke zelfmoord van een demonstrant op Arlington National Cemetery. Maar Brennan en haar team ontdekken dat het geen zelfmoord was, maar moord, en dat het slachtoffer een soldaat was die in Irak had gediend, en geen oorlogsprotetant zoals aanvankelijk werd gedacht. Booth en Brennan zetten het moordonderzoek voort en ondervragen de Amerikaanse soldaten met wie het slachtoffer in Irak had gediend. Hun onderzoek leidt tot veel onbeantwoorde vragen over de militaire eenheid van het slachtoffer in Irak en de acties die ze daar tijdens patrouilles ondernamen. Naarmate ze meer informatie over de zaak boven water halen, wijzen alle aanwijzingen op een mogelijke doofpotaffaire binnen het leger. Ondertussen betreurt Booth de gruwelen van de oorlog en zijn eigen duistere verleden als militair scherpschutter.

Tijdens haar poging om de identiteit van een onbekende vrouw te achterhalen, ontdekt Brennan tot haar grote schrik dat het de stoffelijke resten van haar moeder zijn, die vijftien jaar geleden samen met haar vader verdween. Na jaren van onzekerheid en onwetendheid over wat er met haar ouders was gebeurd, krijgt Brennan eindelijk bevestiging van de dood van haar moeder, en het nieuws komt begrijpelijkerwijs hard aan. Nu de stoffelijke resten zijn gevonden, kan Booth voor het eerst een onderzoek naar de zaak starten. Na onderzoek naar het leven van Brennans ouders, verrast Booth haar met het nieuws dat haar ouders niet waren wie ze dacht dat ze waren – beiden waren outlaws die onder een valse identiteit leefden. Terwijl het team probeert meer informatie uit het skelet van haar moeder te halen, voelt Brennan zich nu meer dan ooit een onbekende vrouw. Naarmate er meer details over het verleden van haar ouders, en ook over haar eigen verleden, aan het licht komen, moet Brennan een compleet nieuwe realiteit onder ogen zien.

Brennan en Booth onderzoeken de plek van een treinongeluk waar slachtoffers van hooggeplaatste personen worden gevonden.

Booth en Brennan onderzoeken de stoffelijke resten van een vrouw en een foetus die in de Delaware Bay zijn gevonden. Het lichaam wordt geïdentificeerd als dat van Carlie Richardson, een zwangere pasgetrouwde vrouw wier mysterieuze verdwijning een jaar geleden groot landelijk nieuws was. Carlie's echtgenoot Kyle Richardson wordt direct als hoofdverdachte beschouwd, maar hij verdwijnt voordat Brennan en Booth hem kunnen ondervragen, waarop Booth een klopjacht op Kyle beveelt. Aanwijzingen die bij de resten worden gevonden, wijzen in een andere richting en Brennan schakelt Booth en haar team van het Jeffersonian in om de mogelijke plaats van Carlie's moord te reconstrueren om een beter beeld te krijgen van het postuur en lichaamstype van de moordenaar, met schokkende resultaten. Ondertussen ergert Booth zich eraan dat zijn ex-vriendin Rachel, de moeder van zijn zoon Parker, Parker zoveel tijd laat doorbrengen met haar nieuwe vriend, waardoor Booth zich bezitteriger opstelt dan Rachel zou willen.

De stoffelijke resten van een weggelopen tiener worden gevonden en zijn ouders denken dat hij is vermoord door zijn vriendin uit een minder bevoorrechte buurt. Wanneer blijkt dat ze geïnteresseerd is in tragische liefdesverhalen, oftewel verslaafd is aan Romeo en Julia, staan Bones en Booth op het punt om het daarmee eens te zijn. Maar nieuw bewijs leidt hen tot het vermoeden dat een man die weggelopen tieners helpt, erbij betrokken zou kunnen zijn.

Meteen nadat Booth en Brennan de skeletresten van een jong meisje hebben opgegraven, wordt duidelijk dat ze niet zomaar met een moordzaak te maken hebben. Hodgins, Zack en Cam bevestigen dit in het lab wanneer ze ontdekken dat de doodsoorzaak rechtstreeks wijst naar Howard Epps, een veroordeelde seriemoordenaar die al jaren in de dodencel zit; Brennans eerdere getuigenis in zijn zaak had Epps uitstel van executie opgeleverd. Booth ondervraagt Epps, ogenschijnlijk zonder resultaat, maar nadat ze een aanwijzing vinden op het lichaam van het overleden meisje die hen naar een ander jong lichaam leidt – ditmaal slechts een week oud – beseffen ze dat Epps hen dwingt een dodelijk spel te spelen. Terwijl het aantal slachtoffers oploopt, proberen Brennan en haar team wanhopig Epps' cryptische aanwijzingen te ontcijferen in een poging zijn koelbloedige medeplichtige te vinden. Het team wordt nog verder op de proef gesteld wanneer blijkt dat het laatste slachtoffer mogelijk nog leeft, met nog maar een paar uur te leven. Terwijl kostbare seconden wegtikken, moeten Brennan en haar team hun grenzen verleggen en hun angsten overwinnen om een jong meisje te redden van een tragisch lot.

Nadat Booth een vrijpartij heeft gehad met zijn ex-vriendin Rebecca, krijgt hij een telefoontje van Brennan over hun nieuwste zaak. Hij spreekt af om haar te ontmoeten op een bouwplaats van een appartementencomplex. Ze worden naar een deels afgebouwd appartement geleid, waar ze de gruwelijke resten van een man aantreffen die aan het oplossen zijn in een badkuip vol schoonmaakmiddelen. Nadat ze hebben vastgesteld dat het slachtoffer leed aan de ziekte van Broze Botten, doorzoeken ze een database met BBD-slachtoffers uit de regio. Het blijken allemaal kinderen te zijn. Ze splitsen zich op om hen te bezoeken in de hoop een verband te vinden met de overleden man. Wanneer zowel Brennan als Booth terugkomen met bevestiging van de identiteit van de man, beseffen ze dat hij een dubbelleven leidde bij twee verschillende families. Wat aanvankelijk een simpele zaak van jaloezie en verzekeringsgeld lijkt, leidt Brennan en Booth door nieuwe aanwijzingen in een compleet andere richting en komt een derde verdachte aan het licht.

Brennan en Booth worden naar de plek van een explosie in een hotel in Miami geroepen, waar een jonge vrouw levend is verbrand. Omdat de explosie vermoedelijk het werk is van een Colombiaans drugskartel dat een rechter wilde aanvallen, staat Alex Radziwill, een functionaris van het ministerie van Buitenlandse Zaken, erop dat alles wat met de zaak te maken heeft, via hem loopt.

Brennan en Booth onderzoeken de dood van Brianna Swanson, een jonge schoonheidskoningin van wie de ontbindende resten worden gevonden bij een waterzuiveringsinstallatie in Washington, D.C. Brianna's vader is aanvankelijk een verdachte, maar nieuwe aanwijzingen leiden Brennan en Booth naar Brianna's dansschool, waar ze belangrijke informatie vergaren. Ondertussen verzamelt Hodgins de moed om Angela mee uit te vragen en, na de voor- en nadelen van een date met een collega te hebben overwogen, stemt ze toe.

Wanneer de stoffelijke resten van Mason Roberts, een federaal aanklager die vijf jaar eerder was verdwenen, worden gevonden in de woestijn buiten Las Vegas, vermoeden Brennan en Booth dat zijn dood verband houdt met de maffia. Het aantal doden in de woestijn loopt op wanneer gieren hen naar de recent gevonden resten van een jonge vrouw leiden, slechts enkele meters verderop. Booth vermoedt dat dezelfde persoon verantwoordelijk is voor beide sterfgevallen, maar de verwondingen van de vrouw doen Brennan vermoeden dat ze een lange geschiedenis van huiselijk geweld heeft en dat haar man mogelijk verantwoordelijk is voor haar dood. Brennan en Booth ondervragen de echtgenoot van de overleden vrouw, die ontkent zijn vrouw iets te hebben aangedaan, maar hen wel naar een woekeraar in Las Vegas leidt. Wanneer een anonieme tip hen naar de wereld van gokken en illegale vechtsporten brengt, gaan Booth en Brennan undercover als high-rollers in Las Vegas. Booth waagt zich aan een gevecht in de ring en riskeert zijn leven in een wanhopige poging om het mysterie te ontrafelen.

Wanneer de lichamen van een tweeling, die vijf jaar eerder was ontvoerd, in Pennsylvania worden gevonden, komen Booth en Brennan op het spoor van de Grafdelver, een beruchte seriemoordenaar wiens modus operandi is om zijn slachtoffers te ontvoeren, levend te begraven en een exorbitant losgeld te eisen. Als het geld niet binnen de gestelde termijn wordt betaald, is er geen verder contact meer en worden de slachtoffers aan hun lot overgelaten. Tijdens het onderzoek worden Brennan en haar collega-wetenschapper Dr. Hodgins de nieuwste slachtoffers van de Grafdelver en worden ze gedwongen om vanuit een ondergronds graf te proberen hun eigen ontvoering op te lossen.

Wanneer het onthoofde lichaam van een jonge man, samen met een videocamera vol documentairebeelden, wordt gevonden in de bossen rondom Washington D.C., worden Brennan en Booth ingeschakeld om de stoffelijke resten van een jaar oud te identificeren en vast te stellen of er sprake is van moord.

Wanneer het lichaam van een man, verminkt, verbrand en als een vogelverschrikker opgehangen aan het dak van het federale gebouw, wordt gevonden, worden Booth en Brennan ingeschakeld om de verkoolde resten te identificeren en de dader van de moord te achterhalen. Op basis van verschillende factoren concludeert Booth dat het slachtoffer een informant was die werkte voor een georganiseerd misdaadsyndicaat. Brennans broer, Russ (gastacteur Loren Dean), vertelt haar dat hij een mysterieus telefoontje heeft gekregen van hun lang verloren vader, die hem waarschuwde dat ze in gevaar zijn. Brennan wordt vervolgens gecontacteerd door een priester (gastacteur Ryan O'Neal), die een boodschap van hun vader overbrengt waarin hij erop aandringt dat zij en Booth de zaak laten vallen. Brennan en Booth concluderen dat het vermoorde slachtoffer ex-FBI-agent Garrett Delaney was, die Russ in de gaten hield en van plan was hem te vermoorden, wat de waarschuwing van hun vader meer geloofwaardigheid geeft. Naarmate er meer aanwijzingen aan het licht komen en een overheidscomplot wordt onthuld, doen Booth en Brennan een schokkende ontdekking over wie er achter de moord op Delaney zit. Booth wordt gedwongen een van de belangrijkste beslissingen uit zijn carrière te nemen, met zeer persoonlijke gevolgen. Ondertussen moet Zack zijn proefschrift verdedigen, de laatste stap naar het behalen van zijn doctoraat, maar hij heeft de hulp van Angela nodig om serieus genomen te worden.

Brennan en Booth worden naar de plaats van een dodelijke brand in een gevangenis in Washington D.C. geroepen om te onderzoeken wat zij denken dat de dood is van Brennans medegevangene, seriemoordenaar Howard Epps, wiens lichaam onherkenbaar verbrand is aangetroffen. Maar Brennans onderzoek leidt tot de huiveringwekkende ontdekking dat het verkoolde lichaam niet van Epps is, maar van een brandweerman uit Washington D.C. die Epps had vermoord om zijn eigen dood in scène te zetten en te ontsnappen uit een zwaarbeveiligde gevangenis te midden van de chaos van de brand. Na een bezoek aan Epps' ex-vrouw, Caroline, om te achterhalen of zij enig idee heeft over zijn verblijfplaats, vertrekken Brennan en Booth met lege handen, maar maken zich zorgen om Carolines veiligheid nu haar ex-man nog steeds vrij rondloopt. Hun angsten worden al snel bewaarheid wanneer ze concreet bewijs vinden dat Epps opnieuw heeft gemoord. Terwijl Epps Brennan en Booth in een kat-en-muisspel lokt, wordt het duidelijk dat hij het op hen en hun naasten gemunt heeft. Hij geeft hen aanwijzingen die ze wanhopig proberen te ontcijferen voordat Epps een volgend slachtoffer maakt. Terwijl Cam een autopsie uitvoert op Epps' laatste slachtoffer, smeekt Booth haar om het protocol te overtreden om tijd te besparen en een latere stap in het proces over te slaan. Tegen beter weten in doet ze dat, maar ze wordt bespoten met een dodelijk gif en raakt zwaargewond. Terwijl Cams leven aan een zijden draadje hangt, racen Booth, Brennan en de rest van het Jeffersonian-team tegen de klok om erachter te komen welke dodelijke stof Cam doodt en waar Epps zich bevindt voordat Cam zijn volgende slachtoffer wordt.

Nadat Booth opzettelijk een clownsornament op een ijscowagen beschiet, wordt zijn wapen afgenomen en moet hij een FBI-psychiater ontmoeten om te bewijzen dat hij geestelijk stabiel is, zodat hij zijn wapen terugkrijgt. Daardoor moet Brennan alleen naar Florida om de dood van een jonge studente te onderzoeken, wiens lichaam in dat van een dode alligator wordt gevonden. Omdat Booth voorlopig buiten dienst is, is haar FBI-collega in deze zaak agent Tim Sullivan. Hoewel hij een makkelijk in de omgang is, hebben de twee vanaf het begin communicatieproblemen en stijlverschillen, en Brennan kijkt uit naar Booths terugkeer. De alligator wordt teruggebracht naar het Jeffersonian en het team stelt vast dat het slachtoffer de jonge studente Judy Sloan is, die enkele weken eerder was verdwenen. Terwijl het team van het Jeffersonian de omstandigheden rond de dood van het meisje probeert te ontrafelen, merkt Brennan dat ze meer gecharmeerd is van Sullivan dan ze wil toegeven. Ondertussen heeft Booth verschillende ontmoetingen met FBI-psychiater Dr. Gordon Wyatt, een Engelsman met een unieke benadering van de situatie. Wyatt houdt hun "sessies" in zijn achtertuin en geeft Booth een onorthodox project, terwijl hij hem stiekem probeert te laten praten over de mogelijke redenen voor zijn aanval op de clown.

Het team wordt ingeschakeld om de dood van Terence Bancroft, een belangrijke donateur van het Jeffersonian, te onderzoeken.

Brennans nieuwste misdaadroman is meteen een bestseller en ze maakt zich klaar om de publiciteitstournee af te gaan om de roman te promoten. Wanneer zij en Booth echter een moord in de jachthaven onderzoeken, ontdekken ze opvallende overeenkomsten tussen de zaak en een van de fictieve moorden in Brennans boek.

Booth en Brennan onderzoeken een lichaam dat in de rivier is gevonden en waarvan alle botten ontbreken.

Midden in de nacht springt een waterleiding op de historische begraafplaats van de St. Agathakerk, waardoor het terrein bezaaid raakt met doodskisten en hun eens zo vredige bewoners. Brennan wordt opgeroepen om de stoffelijke resten te identificeren en te helpen herbegraven. Pater Matt, een pas aangestelde priester, vertelt Brennan en Zack dat de laatste begrafenis op de begraafplaats meer dan 50 jaar geleden plaatsvond, maar Brennan vindt een schedel die minder dan vijf jaar geleden begraven is. Dit doet hen vermoeden dat het lichaam begraven is om een moord te verbergen. Na wat tegenstand van de norse hoofdpriester, pater Donlan, beschouwen Brennan en Zack de eens zo gewijde grond als een plaats delict. Ze brengen de resten terug naar het Jeffersonian, waar Booth zich beledigd voelt door Brennans gebrek aan respect voor zijn of andermans religieuze overtuigingen. De twee worstelen om hun ritme terug te vinden, dat verstoord is sinds Sully vertrokken is. Booth dringt erop aan dat Brennan met hem meegaat naar zijn therapeut, Dr. Wyatt (gastacteur Stephen Fry), in de hoop dat Wyatt hun relatie kan verbeteren en de zaken weer op de rails kan krijgen. Ondertussen bloeit de romance tussen Hodgins en Angela op en Hodgins neemt een gewaagde stap om hun relatie te verdiepen, wat Angela volledig overrompelt. Wanneer Booth en Angela terugkeren naar de kerk om schetsen van het onbekende moordoffer van de begraafplaats uit te delen, herkent een jonge parochiaan de schets als de voormalige pastoor, die Father Matt kort daarvoor had vervangen. Terwijl Father Matt op mysterieuze wijze ziek wordt en Brennan en Booth proberen de details van de verdwijning van de vermoorde priester te achterhalen, moeten ze ontdekken wie voor God speelt en levens in eigen handen neemt.

Een gedeeltelijk skelet, ingekapseld in cement, wordt gevonden en Brennan, Booth en het team van het Jeffersonian worden ingeschakeld om de zaak te onderzoeken. Booth vermoedt dat het slachtoffer is vermoord door Hugh Kennedy, een lid van een gevaarlijke georganiseerde misdaadfamilie.

Brennan en Booth haasten zich naar een plek waar een dode man in een krater is gevonden. Het lijkt erop dat het platgedrukte lichaam van grote hoogte is gevallen zonder parachute. Wanneer de stoffelijke resten voor onderzoek naar het Jeffersonian Museum worden gestuurd, leidt Hodgins' botanalyse hem tot de conclusie dat het lichaam enige tijd in de ruimte heeft doorgebracht. Terwijl Hodgins verschillende theorieën over buitenaards leven en overheidscomplotten oppert, proberen Brennan en Booth de identiteit van de man te achterhalen. Ze ontdekken dat het een astronaut was genaamd kolonel Howard, die voor de National Space Agency werkte. Tijdens gesprekken met zijn collega's en familieleden lukt het hen maar moeilijk om relevante informatie te verkrijgen vanwege de geheimhouding van zijn missies. Wanneer het team snijwonden op enkele van zijn botten vindt, ontdekken ze dat de val van kolonel Howard geen ongeluk was en ontvouwt zich een ingewikkeld moordmysterie. Ondertussen, nadat zijn eerdere poging om Angela ten huwelijk te vragen was mislukt, probeert Hodgins het op een meer traditionele, romantische manier om haar hart te winnen.

Brennan en Bones worden door Homeland Security opgeroepen om onderzoek te doen naar een oud stenen huis waar gloeiende botten zijn gevonden. Uit angst dat de resten radioactief zouden kunnen zijn, trekken ze beschermende pakken aan en betreden ze voorzichtig het huis. Daar vinden ze de gloeiende botten, maar geen radioactiviteit. Terug in het Jeffersonian onderzoekt het team de botten en stelt de identiteit van het slachtoffer vast, maar er is geen directe verklaring voor de groene gloed die de resten afgeven. Het hele Jeffersonian-team, met hun expertise, werkt samen met Brennan en Booth aan het moordmysterie. Dit leidt hen naar een groep vrienden die tot hun grote schrik ontdekken dat een van hen het slachtoffer is. Tijdens het onderzoek vormen de MySpace.com-pagina's van het slachtoffer en diens vrienden, inclusief de foto's, video's en blogs, een waardevol hulpmiddel voor het Jeffersonian-team in hun zoektocht naar antwoorden. Ondertussen verklaart Hodgins op een zeer ongebruikelijke manier zijn liefde voor Angela.

In een winkelwagentje in de omgeving van Washington D.C. wordt het ontbindende skelet gevonden van wat een jong meisje lijkt te zijn. Angela's reconstructie op basis van het bewijsmateriaal onthult het gezicht van een 80-jarige vrouw, niet van een kind, maar het team komt erachter dat het slachtoffer in werkelijkheid een 22-jarige vrouw was met een slopende ouderdomsziekte. Het onderzoek van Brennan en Booth leidt hen naar de moeder van het slachtoffer, die een voormalige verzorger aanwijst als dader. Maar zonder een definitieve aanwijzing gaat het team op zoek naar wie deze weerloze vrouw van het leven zou willen beroven, en de zaak raakt Brennan diep. Ondertussen duikt Brennans vader, Max Keenan (gastacteur Ryan O'Neal), weer op in haar leven in een poging om contact met haar te leggen en informatie uit haar verleden te onthullen, en ze is verrast door zijn reactie. Hodgins en Angela lopen naar het altaar met Brennan als bruidsmeisje en Booth als getuige, maar alles loopt niet zoals gepland.

Een groep tieners rijdt over de snelweg wanneer een schedel door hun voorruit vliegt. In het Jeffersonian-laboratorium test Brennan een jonge forensisch antropoloog uit als vervanger van Zack, die naar Irak is vertrokken. Samen met Cam onderzoekt ze de schedel in kwestie. Ze ontdekken afdrukken van menselijke tanden, wat wijst op kannibalisme. Het team identificeert het slachtoffer: een bekend viooltalent dat na een concert verdween. Op zoek naar wat er met hem is gebeurd, gaan Brennan en Booth op onderzoek uit. Een spoor van verdachten leidt hen naar een vreemde kannibalistische gemeenschap en het team moet een gruwelijke en raadselachtige reeks misdaden ontrafelen – mits Brennan en Booth de nieuwe spanning tussen hen kunnen doorstaan. Ondertussen stelt Cam voor dat Angela een privédetective inhuurt om haar ex-man op te sporen, zodat ze haar vorige huwelijk kan laten ontbinden en met Hodgins kan trouwen. Een taak die echter makkelijker gezegd dan gedaan is.

Wanneer een voetbalmoeder omkomt bij een explosie in haar minivan, gaan Brennan en Booth op onderzoek uit om te achterhalen wie een ogenschijnlijk onschuldige en onopvallende vrouw uit de voorstad zou willen vermoorden. Tijdens het onderzoek ontdekt het team dat de moeder, June, lid was van het National Liberation Army, een groep jonge radicalen uit de jaren 70, en dat de FBI al bijna dertig jaar naar haar op zoek was. Wanneer het team verneemt dat June mogelijk op het punt stond zichzelf aan te geven voor een geweldsdelict waarbij ze betrokken was toen ze lid was van het NLA, worden de motieven voor haar moord nog complexer. Ondertussen bezoekt Brennan haar vader (gastacteur Ryan O'Neal) in de gevangenis en vraagt hij naar zijn redenen om haar te willen zien, terwijl Booth hem advies geeft over de situatie. Terug in het lab is Hodgins sprakeloos door een bijzonder mooie FBI-bomexpert die aan de zaak werkt.

Wanneer een elfjarige kampeerder het ontbindende lichaam van een man in het bos vindt, zonder voeten en met vastgebonden armen, gaat het team op onderzoek uit. De autopsie leidt Brennan en Booth naar een lodge in Virginia, niet ver van de plek waar het slachtoffer stierf. Het blijkt dat de lodge gebruikt wordt als een "Pony Play" S&M-retraite, waar vrouwen als jockeys fungeren en mannen als hun paarden. De ondervragingen van Brennan en Booth leiden hen naar een aantal verdachten, waaronder de vrouw van het slachtoffer en zijn vrouwelijke "jockey"-minnares. Zack en Hodgins ontdekken echter bewijs dat het ontcijferen van de moordenaar moeilijker maakt dan aanvankelijk gedacht. Ondertussen stemt Angela ermee in om onder hypnose te gaan in een poging de naam van haar vorige echtgenoot te achterhalen, zodat ze van de mysterieuze man uit haar verleden kan scheiden en met Hodgins kan trouwen, maar ze vindt het moeilijk om in trance te raken.

Booth en Brennan gaan op onderzoek uit wanneer tieners een zwaar ontbonden lichaam vinden op het terrein van het veteranenziekenhuis. De man wordt geïdentificeerd als Franklin Curtis, oprichter van een biologische supermarktketen. Het team staat voor een raadsel wanneer de hoge temperatuur van het lichaam aantoont dat het gekookt of verbrand is. Terwijl ze in het laboratorium proberen de eerste doodsoorzaak vast te stellen, ondervragen Brennan en Booth potentiële verdachten in de omgeving van Curtis' boerderij. Ze vermoeden dat een rivaliserende boer, van wie Curtis land probeerde te kopen om er biologische landbouw van te maken, betrokken is. Tijdens hun onderzoek ontdekken Booth en Brennan ook dat Curtis een notoire rokkenjager was. Wanneer het lichaam van een ander wordt geïdentificeerd met dat van Curtis, moet het team een mogelijke dubbele moord onderzoeken. Ondertussen worden Booth en Brennan toegewezen aan een nieuwe – en zeer jonge – psychiater, Dr. Lance Sweets. Hij waarschuwt hen dat de FBI hen mogelijk zal scheiden als ze geen verdere psychiatrische begeleiding krijgen, en ze werken met tegenzin mee.

Wanneer een doodsbange jonge Halloween-vierder de gemummificeerde resten van een tienermeisje vindt in een pompoenveld met doolhof, worden Brennan en Booth ter plaatse geroepen om onderzoek te doen. Ze staan voor een raadsel: het meisje lijkt al minstens een jaar dood te zijn.

De verkoolde resten van een jonge stagiair van het Jeffersonian Institute worden gevonden in de verbrandingsoven van het gebouw. Omdat de zaak zo dichtbij komt, heeft het team geen andere keuze dan hun eigen collega's te verdenken en iedereen te ondervragen, van de topwetenschappers van het Jeffersonian tot de medestagiairs van het slachtoffer.

Een groep oud-leerlingen van de middelbare school komt bijeen om een tijdcapsule op te graven die twintig jaar eerder was begraven. Ze vinden er echter het lichaam van een van hun voormalige klasgenoten in. Het slachtoffer, een verlegen en buitengesloten klasgenoot, leidt Booth en Brennan op een zoektocht naar de geheimen van de middelbare school van de lichting van 1987, terwijl ze tegelijkertijd hun eigen herinneringen aan hun middelbare schooltijd ophalen.

Het team hervat de zaak van de seriemoordenaar 'De zoon van de weduwe' wanneer er een nieuw lichaam wordt gevonden.

Het lichaam van een man met een witte baard en een op maat gemaakt kerstmanpak wordt gevonden in het riool bij een winkelcentrum in Washington D.C., slechts drie dagen voor Kerstmis. Terwijl het team forensisch bewijs verzamelt, lijkt het slachtoffer steeds meer op de legende te lijken. Booth en Brennan ontdekken dat de man, wiens officiële naam Kristopher Kringle was, een gerespecteerde kerstman-imitator was, werkzaam bij een lokaal bedrijf dat kerstmannen verhuurt. Wanneer Booth en Brennan Kris' appartement inspecteren, treffen ze niet alleen een feestelijke kerstversiering aan, maar ook duizenden dollars verstopt in een lade. Naarmate Kerstmis dichterbij komt, probeert het Jeffersonian-team te achterhalen wie deze op de mythe lijkende kerstman dood wilde hebben. Ondertussen bezoekt Brennan haar vader in de gevangenis en beraamt ze een onconventionele kerstreünie, terwijl Booth en Brennan zich in een kleine ruimte bevinden met de maretak vlak boven hun hoofden.

Wanneer een jong stel besluit naakt te gaan zwemmen in een warmwaterbron, wordt hun spontaniteit verstoord wanneer ze de resten van een skelet in de modder vinden. Brennan en Booth ontdekken al snel dat het skelet van Tripp Goddard is, een professionele motorcoureur die net de Super Grand Prix heeft gewonnen. Het team verdenkt Danny Fitz, de nummer twee van de race en Tripps grootste rivaal, er meteen van de moordenaar te zijn. Maar net wanneer Brennan en Booth denken dat ze de zaak hebben opgelost, eist een heftig motorongeluk een ander slachtoffer, en de omstandigheden lijken allesbehalve toevallig. Ondertussen dwingt dokter Lance Sweets Brennan en Booth om met hem mee te gaan op een dubbele date in een poging hen aan te moedigen om in een sociale omgeving met elkaar om te gaan, weg van hun zaken.

Brennan en Booth bezoeken een universiteitscampus waar menselijke resten worden gevonden onder de tribune van een basketbalveld. Hoewel het lichaam onherkenbaar was verpletterd onder de tribune, identificeert een gouden ketting met het nummer "11" het slachtoffer als RJ Manning, de sterspeler en point guard van het nationaal gerangschikte basketbalteam van de universiteit. Na reconstructie van RJ's schedel concludeert het team dat hij al dood was voordat de tribune hem verpletterde. Brennan en Booth duiken in de wereld van het topbasketbal op universiteitsniveau en interviewen verschillende personen om erachter te komen wie er mogelijk baat bij RJ's dood heeft gehad. Na onderzoek te hebben gedaan naar degenen die het dichtst bij RJ stonden, waaronder zijn trouwe vriendin, zijn toekomstige basketbalagent en zijn vervanger in het team, ontdekken Brennan en Booth verschillende plausibele motieven voor RJ's moord. Later ontdekt het team dat RJ mogelijk in een nogal riskante situatie verwikkeld was ten tijde van zijn dood, en ze vragen zich af of er meer dan één persoon bij zijn moord betrokken zou kunnen zijn. Ondertussen probeert Hodgins zijn relatie met Angela naar een hoger niveau te tillen, maar zijn verleidingsmethoden blijken veel minder tactvol dan zijn wetenschappelijke methoden.

Wanneer er een baby wordt gevonden op de plek waar zijn moeder is vermoord, ontfermt Brennan zich over het kind.

Brennans vader, Max, wordt vervolgd voor de vermeende moord op FBI-vice-directeur Robert Kirby, en het hele Jeffersonian-team, met uitzondering van Brennan, wordt opgeroepen als deskundige getuige voor de aanklager. Terwijl Booth en de rest van het team worstelen met de vraag hoe ze onpartijdig kunnen blijven, wetende dat hun getuigenis Brennans vader naar de dodencel kan sturen, dringt Brennan erop aan dat iedereen objectief deelneemt aan het proces. Omdat Brennan als forensisch adviseur voor de verdediging fungeert, moet ze niet alleen vertrouwen op haar expertise als antropologe, maar ook op haar toewijding aan haar familie om een manier te vinden om haar vader vrij te pleiten.

Brennan en Booth onderzoeken de moord op een veelbelovende jonge zanger wiens lichaam langs een landweg werd gevonden. Ze onderzoeken de vele fans en vijanden van de zanger in de muziekwereld, en in het bijzonder een geobsedeerde vrouw die na Tommy's dood haar aandacht op Booth richt. Terwijl het team probeert te achterhalen wie Tommy voorgoed het zwijgen heeft opgelegd, dreigt een schokkende gebeurtenis het Jeffersonian-team voorgoed te veranderen wanneer een van de teamleden in de vuurlinie terechtkomt.

Wanneer er een menselijke kaakbeen opduikt in het Jeffersonian, beseffen Brennan en zijn team al snel dat seriemoordenaar Gormogon opnieuw heeft toegeslagen. In een schokkende wending belandt Zack in het ziekenhuis na een explosie in het lab, en wordt ontdekt dat Gormogons zilveren skelet is verdwenen uit de kluis in de kelder. Iedere medewerker van het Jeffersonian wordt al snel verdacht, met de zeer reële mogelijkheid dat een van hen als leerling werkt voor de verdorven en ongrijpbare seriemoordenaar.

Iedereens favoriete forensisch onderzoeksteam is terug voor de seizoenspremière van Bones! Brennan en Booth reizen van Washington D.C. naar Londen, waar Brennan een gastcollege geeft aan de Universiteit van Oxford en Booth een toespraak houdt bij Scotland Yard. Ze worden door de lokale autoriteiten gevraagd hun expertise in te zetten bij een spraakmakend moordonderzoek naar een jonge Britse erfgenares en worden gekoppeld aan hun respectievelijke Britse collega's, Dr. Ian Wexler (gastacteur Andrew Buchan) en inspecteur Cate Pritchard (gastactrice Indira Varma). Het duo trekt door Londen om de raadselachtige moord op de jonge en glamoureuze erfgenares te onderzoeken, wier vader een rijke Amerikaanse zakenman is. Ondertussen, terug in Washington D.C., verleent het Jeffersonian-team zijn expertise aan de Britse zaak.

Het drama ontvouwt zich in het actievolle tweede deel van de seizoenspremière van BONES. Wanneer een lid van het Britse onderzoeksteam wordt vermoord, versterkt de persoonlijke betrokkenheid van Brennan en Booth bij de zaak hun vastberadenheid om het mysterie rond de dood op te lossen terwijl ze op zoek gaan naar de moordenaar in Londen. Het Jeffersonian-team wordt verrast door de onverwachte terugkeer van Angela's al lang vervreemde echtgenoot, die moet instemmen met een scheiding voordat ze met Hodgins kan trouwen.

Wanneer in een buitentoilet een gedeeltelijk ontbonden lichaam wordt gevonden dat wordt geïdentificeerd als de presentator van het populaire realityprogramma "Busted by Bill", waarin overspel op heterdaad wordt betrapt, moeten Brennan en Booth de moordenaar identificeren uit een grote groep verdachten, waaronder velen die in het programma van het slachtoffer voor schut zijn gezet. Terwijl het team, met de hulp van Brennans ambitieuze student Sweets en Bones, op zoek gaat naar belangrijk forensisch bewijs, kijken ze afleveringen van "Busted by Bill" om verdachten te vinden die passen bij het profiel van een wraakmoordenaar. Ondertussen probeert Booth Brennans liefdesleven te begrijpen wanneer hij ontdekt dat ze twee relaties tegelijk onderhoudt.

Wanneer Booths zoon Parker tijdens het spelen met Booth een afgehakte vinger in een vogelnest vindt, start het team een onderzoek om de rest van het lichaam te vinden. Ze lokaliseren het lijk in Jefferson Memorial Park en al snel wordt duidelijk dat het geen ongeluk was. Met de hulp van een nieuwe, middelbare student in het lab (gastacteur Michael Badalucco) identificeert het team het slachtoffer als een lokale dierenarts wiens gokverslaving een aantal verdachten op het spoor brengt. Wanneer blijkt dat de fatale verwondingen van het slachtoffer door een hond zijn veroorzaakt, ontdekt het team een illegale hondengevechtsring en schakelt de hulp in van Cesar Millan om het forensisch bewijs van de hond te koppelen aan de moordende hond en zijn eigenaar. Ondertussen vraagt Booth aan Sweets om zijn zoon, die volgens hem getraumatiseerd is door het vinden van de vinger, te psychoanalyseren, en Sweets spreekt Hodgins aan op zijn houding in het lab.

Wanneer een geschokte tiener een verminkt lichaam in stukken aantreft in een vreemde paarse plas water, komen Brennan en Booth ter plaatse en ontdekken dat het hoofd van het slachtoffer ontbreekt. Met hulp van Brennans nieuwste promovendus, Wendell, ontdekt het team dat het lichaam toebehoort aan Jared Addison, een 25-jarige sciencefictionauteur die lijdt aan een dwangstoornis en een extreme angst voor bacteriën. Dankzij Sweets' psychologische inzicht in Jareds perfect geordende wereld, sporen Booth en Brennan een aantal verdachten op, waaronder Jareds psycholoog, zijn veel oudere vriendin en zijn uitgever van sciencefictionboeken. Allen hebben goede redenen om Jared uit hun leven te willen hebben. Zonder het hoofd van het slachtoffer worstelt het team echter om voldoende bewijs te vinden om een moordenaar te vinden – totdat ze inzicht krijgen van Zack, die de zaak op afstand bestudeert in zijn psychiatrische instelling met informatie die hij van Hodgins heeft gekregen. Ondertussen verwijt Brennan Booth dat hij haar nooit voor zichzelf laat opkomen.

Wanneer de stoffelijke resten van een zeer impopulaire kantoorchef worden gevonden in een liftschacht, moeten Booth en Brennan uitzoeken wie van de medewerkers een reden had om het slachtoffer te vermoorden. Van een recent ontslagen medewerker tot de baas van het slachtoffer, het team komt erachter dat deze kantoorchef meer dan genoeg redenen had om klachten in te dienen. Ondertussen geeft Brennans sombere en morbide realistische student zijn inzichten in de zaak, en proberen Hodgins en Angela hun relatie na de breuk weer op de rails te krijgen.

Wanneer er skeletresten worden gevonden in de Chesapeake Bay, gaan Brennan en Booth op onderzoek uit. Omdat alleen het bovenlichaam van het slachtoffer intact is, heeft het team weinig aanknopingspunten, afgezien van de resten van haar borstimplantaten. Brennan en Booth worden naar een kleine kerkgemeenschap in Maryland geleid, waar het slachtoffer predikant was. Ze hebben echter geen gegevens over haar bestaan voordat ze vijf jaar eerder naar het stadje verhuisde. Wanneer het onderlichaam van het slachtoffer wordt gevonden, beseft het team dat hun eerste aannames over haar mogelijk niet kloppen. Terwijl Sweets inzicht geeft in de psychische toestand van het slachtoffer en Brennans nieuwste promovendus zijn eigenzinnige observaties toevoegt, moet het team ontcijferen wie haar dood zou hebben gewild. Van mogelijke geliefden tot haar familie en de parochianen van de kerk waar ze predikant was, de anatomie van de zaak is zeer misleidend.

Wanneer de verminkte resten van een beroemde kunstenaar worden gevonden in een in beslag genomen sloopauto, moet het team tegen de klok racen om bewijs van moord te vinden voordat de auto tentoongesteld wordt... als de ultieme uiting van zelfopoffering van de beeldhouwer voor zijn kunst; en onder de verdachten bevindt zich een ex-vriendin van Angela.

Het lichaam van de vader van een worstelende uitvinder wordt gevonden, maar wanneer een tweede lichaam opduikt, raakt het team verstrikt in een web van bedrog om te ontdekken wie de echte oplichter in het leven van de uitvinder was; en Brennans date met Booths jongere broer leidt tot een dieper begrip van haar partner.

Booth en Brennan zijn onderweg naar China, waar Brennan is opgeroepen om te helpen bij de identificatie van prehistorische antropologische resten. Booth reist mee om toezicht te houden op haar uiterst gevoelige apparatuur. Hun rustige vlucht wordt verstoord wanneer een stewardess een volledig gegaard menselijk lichaam ontdekt in de industriële magnetron van het vliegtuig. Booth en Brennan leggen online contact met het team in de VS en gebruiken Brennans hightech apparatuur, aangevuld met allerlei gadgets van de passagiers, om bewijsmateriaal naar het Jeffersonian te sturen voor onderzoek. Wanneer ze het slachtoffer identificeren als een reisjournalist die werkt aan een controversieel artikel over piloten, racen Booth en Brennan tegen de klok om de moord op te lossen voordat het vliegtuig in China landt en ze hun jurisdictie over de zaak verliezen. Ondertussen, terug in de VS, ontwikkelt de relatie tussen Angela en Roxie zich verder, terwijl Hodgins probeert verder te gaan met zijn leven.

Wanneer een schedel en diverse skeletresten worden gevonden in een boom in een nationaal beschermd bosgebied, gaan Brennan en Booth op onderzoek uit. Terug in het Jeffersonian hoort Brennan dat haar vervreemde vader een nieuwe baan als leraar heeft, iets waar ze niet blij mee is gezien zijn recente vrijspraak voor moord. Door een gelukkige samenloop van omstandigheden worden de botten van het slachtoffer in een overheidsdatabase geïdentificeerd als die van een ex-marinier die al bijna drie jaar spoorloos is. Omdat er geen gegevens zijn over zijn verblijfplaats in de afgelopen drie jaar, wendt het team zich tot internet voor antwoorden. Het onderzoek leidt Brennan en Booth uiteindelijk naar een zeer elitaire privéschool en een groep rijke en machtige families, waarvan er één door de ex-marinier als mannelijke oppas was behandeld. Naarmate het onderzoek vordert, blijkt Brennans vader een onverwachte aanwinst voor de zaak te zijn, maar Brennan heeft gemengde gevoelens over zijn betrokkenheid. Het onderzoek van Brennan en Booth duikt diep in de wereld van leugens en bedrog van de allerrijkste families.

Booth en Brennan onderzoeken de stoffelijke resten van een Siamese tweeling die gevonden zijn in een ondiep graf in een afgelegen woestijngebied op de grens van Texas en Oklahoma. Terug in het lab stelt het team vast dat de skeletresten die van Jenny en Julie zijn, die jongleurs waren in een reizend circus. Omdat ze weten dat de circusmensen met niemand buiten hun hechte kring zullen praten, moeten Brennan en Booth de circusgemeenschap infiltreren om meer te weten te komen over de dood van de tweeling. Booth perfectioneert zijn vaardigheden als messenwerper en het duo gaat undercover als messenwerperact "Buck en Wanda Moosejaw". Terwijl ze een scala aan verdachten tegenkomen in het kleurrijke circuspubliek, waaronder circusdirecteur Henry Simon (gastacteur Andy Richter), een nogal luidruchtige groep clowns en een temperamentvolle krachtpatser die mogelijk een romantische relatie had met een van de tweeling, ontdekken Booth en Brennan dat het circusleven een waar spektakel is.

In het tweede uur onderzoeken ze een nieuwe moordzaak wanneer een vader en zoon tijdens het ijsvissen een bevroren lichaam in een vijver vinden.

Wanneer Brennan, Hodgins en auteur Thomas Vega samen met de officier van justitie van de Verenigde Staten door een federale rechter worden opgeroepen in verband met het lopende onderzoek naar de Grafdelver, komen ze erachter dat er recent bewijsmateriaal uit de zaak is verdwenen. Omdat Brennan en Hodgins zelf slachtoffer zijn geweest van de Grafdelver en Thomas Vega momenteel een boek over de zaak schrijft, worden zij de belangrijkste verdachten in de zaak van het verdwenen bewijsmateriaal. Wanneer Brennan en het team echter een telefoontje ontvangen van de Grafdelver, die hen vertelt dat Booth levend begraven is met slechts 24 uur zuurstof, dreigt de Grafdelver hem te laten sterven tenzij Brennan het verdwenen bewijsmateriaal terugbrengt. Het team gaat onmiddellijk naar Booths appartement om de plaats delict te onderzoeken, wetende dat ze, dankzij Sweets' psychologische analyse van de Grafdelver, de autoriteiten niet over de situatie mogen informeren, anders zal de Grafdelver wraak nemen op Booth. Terwijl Booth worstelt om zich te bevrijden, bundelt het team de krachten om hem te vinden, terwijl de tijd dringt.

Wanneer een groep brugklassers het ontbindende lichaam vindt van een vrouw in een middeleeuwse prinsessenjurk, gaat het team ter plaatse om onderzoek te doen. Omdat Booth door een rugblessure niet in staat is om mee te werken, neemt agent Payton Perotta zijn plaats in. Met behulp van de scherpzinnige Colin Fisher, een zelfverklaarde nerd en expert in de taal van sciencefiction, identificeert het team de vrouw als een promotiemodel van ImagiCon, een conventie voor fans van stripboeken, videogames en andere sciencefiction-gerelateerde entertainment. Brennan en het team moeten zich een weg banen door het bizarre landschap van ImagiCon om de moordenaar op te sporen. Ze ontdekken al snel dat het slachtoffer mogelijk een zeer waardevol sciencefiction-memorabilia bezat, waar velen een moord voor zouden plegen.

Een stel dat aan het bungeejumpen was, stort zich op hun trouwdag van een brug en stuit op een lijk op de bodem van een ravijn. Hun huwelijksdag is verpest en Booth en Brennan dalen af door de rotsachtige beekbedding om het lijk te onderzoeken. Ze stellen vast dat het slachtoffer al dood was voordat hij van de brug werd gegooid, waardoor zelfmoord uitgesloten is. Terug in het lab zien ze een onbekende substantie uit het lichaam sijpelen, wat onmiddellijk leidt tot een lockdown. Terwijl de botten van het slachtoffer blijven schuimen, beseft het team dat ze slechts 24 uur de tijd hebben om de doodsoorzaak te achterhalen voordat de botten volledig uiteenvallen. Ondertussen identificeren Booth en Brennan het slachtoffer als een autoverkoper die door zijn slinkse praktijken waarschijnlijk veel ontevreden klanten heeft gehad.

Wanneer een versteend menselijk lichaam wordt gevonden begraven in een berg zout in een strooiwagen van de gemeente, gaan Booth en Brennan op onderzoek uit. Ze ontdekken dat het slachtoffer, Ashley, een 16-jarig volleybalmeisje van de middelbare school was dat al drie weken vermist was. Wanneer het team erachter komt dat Ashley zwanger was ten tijde van haar dood, zijn ze geschokt als ze ontdekken dat bijna de helft van haar volleybalteam zwanger is of al een baby heeft, en de pers bericht over een vermeend 'zwangerschapspact'. Booth en Brennan moeten zich door het complexe web van relaties heen worstelen om een motief voor Ashley's moord te vinden. Ondertussen moeten Angela en Roxie, wanneer ze het hebben over het adopteren van een hond, grotere problemen in hun relatie onder ogen zien.

Booth en Brennan onderzoeken de roep van de wildernis.

Booth en Brennan onderzoeken een zaak wanneer verbrijzelde, verpulverde menselijke resten worden gevonden in een vuilniszak bij een fotoshoot. Wanneer het team een meteorietfragment in het oor van het slachtoffer ontdekt, worden ze naar het Collar Institute of Science geleid, een beroemd centrum voor natuurkundig onderzoek in Washington D.C. Na het ondervragen van wetenschappers van het instituut, ontdekken ze dat de resten van Dr. Diane Sidman zijn, een vooraanstaande wetenschapper en hoofdredacteur van het Journal of the Collar Institute, die tevens verloofd was met de oprichter van het instituut. Wanneer ze ontdekken dat Dr. Sidman aan een zeer controversieel project werkte, onderzoeken Brennan en Booth een groot aantal doodsbedreigingen aan haar adres. Terwijl het team probeert de doodsoorzaak te achterhalen, gaan Booth en Brennan op zoek naar de moordenaar, maar hun wetenschappelijke methode brengt hen in een gevaarlijke situatie. Ondertussen komt Angela's vader (gastacteur Gibbons) naar de stad om wraak te nemen op Hodgins, en Sweets probeert te bemiddelen.

Wanneer Booth en Brennan een afbeelding van de Heilige Maagd Maria ontdekken op een baal samengeperst karton bij een recyclingbedrijf, zijn ze ter plaatse. Ze ontdekken dat de afbeelding geen wonder is, maar een afdruk van opgedroogd menselijk bloed. Bij nader onderzoek vinden ze een platgedrukt lichaam in het karton en moeten ze uitzoeken wie het slachtoffer is en wie haar mogelijk dood wilde hebben. Wanneer ze ontdekken dat het slachtoffer al jaren de perfecte bruiloft aan het plannen was – zelfs voordat ze een vriend had – en eindelijk verloofd was, volgen ze haar laatste stappen en komen ze erachter dat haar verloofde niet de enige man in haar leven was. Met een spoor van mannen van een datingwebsite op hun hielen, proberen Booth en Brennan de dubieuze praktijken van de vrouw te doorgronden. Ondertussen worden ze achterdochtig wanneer ze Sweets' vriendin Daisy een trouwjurk zien passen met een andere man, en Hodgins en Angela komen tot een overeenstemming over de status van hun relatie.

Wanneer een echt menselijk skelet wordt gevonden dat als rekwisiet werd gebruikt door een deathmetalband in Noorwegen, stellen de autoriteiten vast dat het slachtoffer een Amerikaans staatsburger was. Het team van het Jeffersonian Institute spoort de skeletresten op naar een underground deathmetalband in de VS en identificeert het slachtoffer als bassist Mayhem van de band Spew. Terwijl Booth en Brennan zich in de onbekende wereld van de deathmetalmuziek begeven om de moordenaar en het motief te vinden, ontdekken ze de verrassende muzikale voorkeuren van hun eigen teamleden en krijgen ze nieuwe inzichten in het verleden van Sweets. Ondertussen vraagt Sweets dokter Gordon Wyatt (gastacteur Stephen Fry) om input voor het boek dat hij over Booth en Brennan schrijft, en geeft dokter Wyatt Sweets een interessant perspectief op de unieke relatie tussen de twee.

Wanneer een collega van het Jeffersonian Institute, werkzaam bij de afdeling Egyptologie, overlijdt aan hartfalen, woont het hele team de rouwplechtigheid bij. Bij het zien van het lijk staat Brennan er echter op dat het geen ongeluk was en schakelt ze Booth in om haar te helpen het lichaam te stelen, zodat zij en Cam het van dichtbij kunnen bekijken. Er ontstaat een bizar mysterie rond de doodsoorzaak van het slachtoffer, en de verdachten zijn al even raadselachtig als de mysterieuze dood zelf. Ondertussen krijgt Cam een lesje in opvoeding wanneer ze probeert haar pas geadopteerde tienerdochter Michelle te laten stoppen met roken.

Booths vriend, rechercheur Ken Nakamura, belt hem in paniek vanuit Tokio wanneer zijn zus Sachi vermist raakt in Washington. Booth en Brennan nemen de zaak op zich en hun onderzoek leidt hen naar een kanaal waar ze Sachi's onthoofde hoofd vinden. Booth en Brennan ontmoeten Ken en volgen het leven van zijn zus buiten het huis. Hun onderzoek leidt hen naar een exclusieve escortservice. Wanneer ze ontdekken dat ook haar huisgenote vermist is, moeten ze tegen de klok racen om Sachi's moordenaar te vinden.

Wanneer er een menselijk lichaam wordt gevonden in het opgehangen mascottepak van een rivaliserende school, de otter, onderzoeken Brennan en Booth of het lichaam in het kostuum al dood was of om het leven is gekomen tijdens een vreugdevuur op Middlesex University. Het lichaam wordt geïdentificeerd als Jimmy "Beaver" Bouvier, een lid van een studentenvereniging op Middlesex University. Wanneer Brennan en Booth zijn disgenoten ondervragen om te achterhalen hoe hij in het mascottepak van de rivaliserende school terecht is gekomen, ontdekken ze dat Beaver er een illegale handel in had en daar flink aan verdiende. Ondertussen biedt Booth zijn broer Jared (gastacteur Brendan Fehr) aan om hem te helpen een nieuwe baan te vinden, nadat hij oneervol is ontslagen uit de marine vanwege illegale activiteiten die hij onlangs uitvoerde om Booths leven te redden.

Het team onderzoekt een zaak wanneer er menselijke resten worden gevonden in een wijnvat tijdens een wijnproeverij. Het blijkt dat het slachtoffer een wijncriticus is wiens vernietigende recensies een wijngaard bijna ten gronde hadden gericht. Iedereen, van de eigenaar van de wijnmakerij tot de vrouw van het slachtoffer, wordt verdacht. Ondertussen besluit Brennan dat ze een kind wil en verrast Booth met het verzoek om de vader van haar kind te worden. Dit onverwachte verzoek brengt een hoop onuitgesproken gevoelens en onopgeloste problemen tussen hen beiden naar boven, en Booth raakt geobsedeerd door het vooruitzicht om nog een kind te krijgen. De stress van de situatie, in combinatie met Booths ongediagnosticeerde gezondheidsprobleem, leidt tot een verrassingsbezoek van Stewie Griffin (gaststem Seth MacFarlane), de duivels slimme baby uit FAMILY GUY, die Booth op zijn onnavolgbare wijze advies geeft.

Iedereen is verdacht wanneer er een lichaam wordt gevonden na een moord in een populaire nachtclub genaamd "The Lab". In een ongebruikelijke wending nemen Brennan, Booth en het Jeffersonian-team verschillende rollen op zich die verder gaan dan hun normale werkzaamheden, waaronder die van nachtclubpersoneel én lokale politieagenten. Een reeks speciale gaststerren, waaronder Max Keenan (gastacteur O'Neal), Jared Booth (gastacteur Fehr) en de leden van Mötley Crüe, komen langs.

Het is zes weken geleden dat Booth en Brennan elkaar voor het laatst hebben gezien. Booth herstelt van een hersenoperatie en Brennan is op een archeologische opgraving in Guatemala. Angela's helderziende, Avalon Harmonia (gastactrice Cyndi Lauper), onthult tijdens het lezen van Angela's tarotkaarten dat er meerdere lichamen begraven liggen onder een fontein in Washington D.C. Angela deelt de informatie met Brennan en Booth, maar ze zijn allebei een beetje sceptisch gezien de bron. De aanwijzing blijkt te kloppen en het duo vindt de stoffelijke resten van elf lichamen precies waar de helderziende had voorspeld dat ze zouden liggen. Ondertussen heeft Sweets Booth geestelijk geschikt verklaard om na zijn hersenoperatie weer aan het werk te gaan, maar Booth ondervindt nog steeds wat bijwerkingen van de coma.

Brennan en Booth onderzoeken het lichaam van een man die is vermoord vanwege de onbekende inhoud van een aktentas. De eerste aanwijzingen doen vermoeden dat geheime agenten aan het werk zijn, en hun theorie wordt bevestigd wanneer de vloeibare resten van een CIA-agent in de kofferbak van een auto worden gevonden. Wanneer Brennan en Booth de adjunct-directeur van de inlichtingendienst van de CIA ondervragen, raken ze in de war over zijn loyaliteit aan de VS. Ondertussen leidt Brennans bestseller tot financieel succes en zorgt dit voor een conflict met Booth, en verliest Jeffersonian-stagiair Wendell (gastacteur Michael Grant Terry) zijn beurs, waardoor het team op zoek moet naar alternatieve financiering om hem te behouden.

Wanneer er menselijke resten langs het spoor worden gevonden, worden Brennan en Booth op de zaak gezet. De botten blijken van Levi Yoder te zijn, een lid van de Amish-gemeenschap die ongeveer twee maanden voor zijn Rumspringa, ofwel zijn ontdekkingstocht in de buitenwereld, verdween. Brennan en Booth ontdekken dat Levi een pianowonderkind was en hun onderzoek leidt hen tot de conclusie dat zijn buitengewone talent hem mogelijk een vroegtijdige dood heeft bezorgd. Ondertussen worstelt Cam met de stress van het kersverse ouderschap en helpt Booth Cams stiefdochter Michelle (gastactrice Tiffany Hines) in toom te houden.

Brennan en Booth onderzoeken menselijke resten die zijn gevonden op een buurtfeest. De politieke spelletjes en geheime schandalen in de buitenwijk geven elke buur in de doodlopende straat een motief, en Brennan, Booth en Sweets moeten zich door het drama heen worstelen om hun moordverdachte te vinden. Ondertussen biecht Jeffersonian-stagiair Arastoo zijn verleden op, en Booths zoon probeert een vriendin voor hem te vinden.

Brennan en Booth worden opgeroepen om onderzoek te doen naar wat lijkt op verkoolde menselijke resten op een elektrische schutting. Later blijkt het te gaan om een gemummificeerde Egyptische prinses, die in bruikleen is gegeven aan het Jeffersonian Museum. Het antropologische mysterie brengt Brennan in grote beroering, en wanneer de conservator van het Jeffersonian die de mummie prepareert wordt vermoord, vermoedt het team dat er sprake is van een misdrijf.

Wanneer de verminkte resten van een lokale kippenboer worden gevonden aan de oever van een nabijgelegen rivier, wordt het Jeffersonian-team ingeschakeld om de zaak op te lossen. Het team moet de vele vijanden van de boer ondervragen, waaronder extremistische dierenrechtenactivisten en verbitterde buren.

Brennan en Booth onderzoeken de dood van een dwerg.

Booths grootvader Hank (gastacteur Ralph Waite) komt bij hem wonen en gaat met Brennan en Booth mee op onderzoek uit. Ze onderzoeken as en verkoolde resten die een makelaar aantrof tijdens een bezichtiging van een woning. Het team identificeert de slachtoffers als een stelletje met een maatje meer, die beiden weinig vijanden leken te hebben. Ondertussen probeert Hank Booth aan een ander te koppelen en deelt hij enkele familiegeheimen met Brennan.

Wanneer de stoffelijke resten van een fanatieke gamer worden gevonden in een vrachtwagen vol smeerolie, worden Brennan en Booth opgeroepen om de zaak te onderzoeken. Het slachtoffer, Steve Rifton, is de enige actieve speler in de gamingwereld die ooit een perfecte score heeft behaald in een beroemd videospel. Steve zette zijn succes om in een lucratieve samenwerking met een game-scheidsrechter en vroeg fans geld om te spelen op de machine waarmee hij die perfecte score had behaald. Maar tussen mislukte zakelijke deals en bittere concurrenten moet het team van het Jeffersonian Museum de vele verdachten met een motief voor het beëindigen van Riftons heerschappij als gamekoning zien te ontmaskeren. Ondertussen kamperen Hodgins, Sweets en Jeffersonian-stagiair Colin Fischer (gastacteur Moore) om de beurt voor kaartjes voor een film.

Wanneer een man verkleed als Kerstman zichzelf opblaast tijdens een mislukte bankoverval, proberen Brennan en Booth de dader te identificeren en zijn motieven te achterhalen. Ondertussen maakt Brennan plannen om Kerstmis in El Salvador door te brengen, maar haar vader (gastacteur Ryan O'Neal) overtuigt haar ervan om de feestdagen met hem en Margaret Whitesell (gastactrice Zooey Deschanel) door te brengen, een pas ontdekte verre verwante.

Een bizarre zaak brengt Brennan en Booth naar New Mexico, waar ze menselijke resten met buitenaardse kenmerken onderzoeken. Het slachtoffer blijkt een lokale UFO-fanaat te zijn, bekend om haar onvermoeibare zoektocht naar buitenaardse levensvormen. Haar nieuwste 'bewijs' zet Brennan en Booth zelfs aan het denken over het bestaan van buitenaardse wezens. Ondertussen weigert een lokale sheriff de botten vrij te geven, waardoor het team van het Jeffersonian via satelliet moet werken. Angela en Jeffersonian-stagiair Wendell (gastacteur Michael Grant Terry) biechten hun relatie op.

Het lab wordt afgesloten.

Wanneer er een menselijk skelet wordt ontdekt in de loopgraven van een oud slagveld uit de Amerikaanse Burgeroorlog, worden Brennan en Booth op de zaak geroepen. Ondanks de historische locatie identificeert Brennan de botten al snel als die van Dan Pinard, een hedendaagse tandarts uit de buurt. Ondertussen keert Booths broer, Jared, terug van zijn reizen met verrassend nieuws.

Het is een strijd tussen goed en kwaad.

De volgende zaak van het team voert hen ondergronds.

De mijlpaalaflevering 100 van BONES neemt kijkers zes jaar terug in de tijd, waarin Brennan en Booth terugblikken op de eerste zaak waaraan ze samenwerkten. Terwijl Sweets zijn boek over hun samenwerking afrondt, grijpen Brennan en Booth deze kans aan om de feiten recht te zetten. De jonge en rebelse FBI-agent Booth zoekt de hulp van een team antropologen en een straatkunstenaar om het bewijs te vinden dat zijn spraakmakende verdachte schuldig zal verklaren. Hoewel ze zich op onbekend terrein bevinden, gaan Dr. Brennan, haar promovendus Zack (gastacteur Eric Millegan) en Hodgins meteen aan de slag en maken indruk op Booth met hun talent voor het ontdekken van nieuwe aanwijzingen en het onderbouwen van zijn theorie over een goed verbonden districtsrechter. De zaak legt niet alleen de basis voor een succesvolle toekomstige samenwerking, maar onthult ook het ingewikkelde romantische begin van het formidabele duo – wiens gevoelens voor elkaar het team bijna ten gronde richtten, maar jaren later nog steeds voortduren.

De nieuwste zaak van het team brengt Brennan terug naar haar oude school, Burtonsville High School, waar zij en Booth de vondst van een onbekende schedel en bovenlichaam onderzoeken. Met de hulp van Angela identificeren ze het slachtoffer als een van Brennans klasgenoten en ontdekken ze een mogelijke link met een tweede moord die 15 jaar eerder werd gepleegd. Brennan en Booth gaan undercover als getrouwd stel op haar reünie om een aantal verdachten te ondervragen. Zelfs als volwassene wordt Brennan nog steeds verkeerd begrepen en haar enige vriend is een vreemd duistere en excentrieke conciërge (gastacteur Robert Englund). Ondertussen onthult Hodgins een laboratoriumgeheim.

Wanneer menselijke resten worden gevonden in de maag van een haai, worden Brennan en Booth ingeschakeld om de vermiste persoon te identificeren. Bewijs dat suggereert dat het slachtoffer door verschillende vissen is opgegeten, leidt het team naar het Aquarium van de Atlantische Oceaan, waar een gastdocent en beruchte zelfhulpgoeroe die de helende kracht van de oceaan predikt, is verdwenen. Ondertussen proberen Brennan en Booth allebei nieuwe romantische relaties aan te knopen en hun leven weer op de rails te krijgen.

Wanneer het lichaam van een rijke avonturier wordt gevonden in een wasmachine van een hotel, worden Booth en Brennan naar de laatste plek geleid waar hij gezien is: een rock-'n-roll-fantasiekamp. Terwijl Brennan en Booth het onderzoek buiten het lab leiden, gebruiken Hodgins, Angela en stagiair Arastoo (gastacteur Pej Vahdat) een fragment van een prehistorische mammoettand – gevonden bij de stoffelijke resten – en Angela's kennis van de muziekindustrie om het bewijsmateriaal te koppelen aan mogelijke verdachten. Ondertussen zoekt Cam naar artsen voor haar dochter Michelle.

Een hut in het bos brandt af, waardoor twee lichamen tevoorschijn komen – dat van een moderne heks en dat van iemand uit de tijd van de heksenprocessen van Salem – wat Booth en Brennan naar de wereld van de wicca leidt om de moordenaar te vinden. Ondertussen worden Hodgins en Angela gearresteerd en in de gevangenis gegooid vanwege roekeloos rijden. Sweets en stagiair Clark Edison (gastacteur Eugene Byrn) begeven zich op onbekend terrein om het team te helpen.

Het proces tegen de grafdelver raakt de teamleden persoonlijk, en iedereen bij het Jeffersonian moet overuren maken om het forensisch bewijs boven water te krijgen dat tot een veroordeling moet leiden.

Het team probeert aanwijzingen te vinden die begraven liggen onder een levenslange verzameling bezittingen van een verzamelaar, om zo het mysterie rond zijn dood op te lossen. Ondertussen heeft Angela's vader (gastacteur Billy Gibbons) een specifiek doel met zijn meest recente bezoek, en worden Brennan en Booth geconfronteerd met unieke kansen in de seizoensfinale van Bones.

Nu Cams reputatie en carrière op het spel staan, reist het team vanuit het buitenland af om haar te helpen bij het oplossen van de zaak van een onbekende jongen. De afdeling Forensische Antropologie heeft veel van haar elan verloren na de ontbinding, waarbij de leden persoonlijke projecten nastreefden. De gezamenlijke energie en kennis van het herenigde team zijn nodig om het bewijsmateriaal te ontrafelen en de familie van de onbekende jongen duidelijkheid te geven. Na nieuwe aanwijzingen in het lab te hebben gevonden en onverwachte persoonlijke ontdekkingen te hebben gedaan, beseft het team dat ze thuishoren in Washington D.C.

Wanneer de stoffelijke resten van een echtpaar worden gevonden in een grot in een nationaal park, moet het team de identiteit van de man en de vrouw achterhalen en de misdaad oplossen. Na het ondervragen van twee mogelijke verdachten, identificeert het team de vrouw als een marketingmanager die ook de AA-sponsor van haar partner was. Deze aanwijzingen leiden hen naar de waarheid. Ondertussen brengt Booths vriendin en oorlogscorrespondente in Afghanistan, Hannah Burley (gastactrice Katheryn Winnick), een verrassingsbezoek. Nadat ze Burley heeft ontmoet en de oprechte gelukzaligheid van het echtpaar heeft opgemerkt, heroverweegt Brennan haar eigen relatie met Booth, die haar probeert te leren dat liefde niet altijd logisch is.

Wanneer Booth en Brennan worden opgeroepen om ontbindende resten te onderzoeken die aan de Jersey Shore zijn gevonden, identificeert het team het slachtoffer als Richie "The V" Genaro, een 23-jarige die de avond ervoor had gefeest in een populaire nachtclub. Booth en Brennan ondervragen Genaro's vrienden en de uitsmijter van de club (gastacteur Antonio Sabato Jr.), en Brennan bewijst verrassend genoeg haar kennis van popcultuur en antropologie nadat ze een documentaire over de inwoners van de Jersey Shore heeft bekeken, maar die in werkelijkheid een realityshow bleek te zijn die daar werd opgenomen. Ondertussen, in het lab, raakt het team gehecht aan Booths vriendin Hannah (gastactrice Katheryn Winnick), en probeert Angela haar zwangerschap geheim te houden.

Nadat een schedel en ontbindende handen in een vuilcontainer worden gevonden, moet het team niet alleen de misdaad oplossen, maar ook de rest van de stoffelijke resten van het slachtoffer zoeken. Het slachtoffer, geïdentificeerd als Ray Raminsky, blijkt een premiejager te zijn die op zoek is naar Charles Braverman, een man die is aangeklaagd voor de moord op een collega. Ondertussen wordt Brennan door professor Bunsen "The Science Dude" Jude (gastacteur David Alan Grier) gevraagd of hij een aflevering van zijn kinderprogramma vanuit het Jeffersonian Lab mag opnemen met Brennan als speciale gast. Brennan wijst hem aanvankelijk af, maar is verrast wanneer hij haar een aanbod doet dat ze niet kan weigeren, dus neemt ze hem aan als nieuwe stagiaire. Terwijl het team de details van de misdaad ontrafelt, ontdekken ze dat ze niet alleen op jacht zijn naar Braverman en raken ze verwikkeld in een achtervolging met een onverwachte verdachte.

Het team van het Jeffersonian Institute legt de lat hoger voor hun forensische vaardigheden.

Het verleden en het heden botsen wanneer menselijke resten van de Amelia Rose, een 150 jaar oud slavenschip, aan de oppervlakte komen. Het team krijgt de opdracht de overledenen een waardige begrafenis te geven, maar doet een onverwachte ontdekking die verband houdt met een recente moord. Ondertussen ontdekt Cam een verrassende en emotionele band met de Amelia Rose.

Wanneer er menselijke resten worden gevonden in 's werelds grootste chocoladereep, slaat een "zoete" gebeurtenis voor een snoepmaker (gastacteur Wayne Knight) al snel om in een bittere nasmaak. Terwijl de excentrieke eigenaar van de chocoladefabriek, Jimmy Walpert, de tragedie probeert te verwerken, ontdekt het team al snel dat het slachtoffer een mysterieus figuur was met een verleden vol geheimen, leugens en liefdesaffaires. Ondertussen worstelt Cam met de beslissing van haar dochter om naar een universiteit te gaan die niet aan haar hoge eisen voldoet, en vraagt Hodgins aan Angela om een feest te organiseren om haar niet zo geheime zwangerschap aan te kondigen.

Een relatie tussen een leerling en een docent leidt tot een fatale aantrekkingskracht.

Brennan krijgt een inkijkje in haar eigen leven wanneer het lichaam van een briljante en ambitieuze chirurg wordt gevonden in een achterbuurt. Ze heeft meerdere schedelbreuken en er is geen enkele aanwijzing hoe of waarom ze daar terecht is gekomen. Terwijl het team de zaak objectief onderzoekt, worstelt Brennan ermee om haar eigen leven los te zien van dat van het slachtoffer, omdat ze steeds meer overeenkomsten ontdekt naarmate ze meer over haar verleden te weten komt. Ondertussen brengt bewijsmateriaal dat op de plaats delict is gevonden het team dichter bij de oplossing van de zaak, maar het is Brennans unieke perspectief dat haar ertoe aanzet de laatste gebeurtenissen uit het leven van het slachtoffer te reconstrueren. Met de steun van een nieuwe vriend en Jeffersoniaanse bewaker, Micah Leggat (gastacteur Enrico Colantoni), doet Brennan een ontdekking over zichzelf en leert ze een les over het nemen van risico's.

In de douche van een luxe woning van een jonge, mondaine dame wordt een onherkenbaar lichaam gevonden. Met behulp van bottenexpert en Jeffersoniaanse scherpzinnigheidsexpert Clark Edison, onthullen skeletreconstructie en bewijsmateriaal in de afvoer dat het slachtoffer een jong Chinees meisje was dat werkzaam was bij een distributeur van namaakhandtassen.

De stad wacht vol spanning op de komst van Heather Taffet, beter bekend als "De Grafdelver", voor haar laatste hoger beroep nadat ze ter dood is veroordeeld voor een reeks koelbloedige misdaden. Maar wanneer De Grafdelver wordt neergeschoten, krijgt het team van het Jeffersonian de taak om de precieze locatie en identiteit van de schutter te achterhalen.

In een afgelegen maïsveld wordt een lichaam gevonden, vermomd als vogelverschrikker, met een kogelwond. Het team moet tegen de klok racen om een storm en mogelijke complicaties die het bewijsmateriaal zouden kunnen aantasten te vermijden. Booth en Brennan ondervragen de drie vrouwen van het slachtoffer, die tevens zussen zijn, en ontdekken dat jaloezie tussen de zussen en hun verlangen naar de aandacht van hun echtgenoten een grote breuk in de familie heeft veroorzaakt. Booth en Brennan ondervragen ook een familielid dat de polygamie van het slachtoffer afkeurde. Ondertussen verliest Cam het vertrouwen in haar relatie met haar dienstdoende arts-vriendje (gastacteur Elon Gold), maar beiden beseffen dat ze hun relatie prioriteit moeten geven.

De stoffelijke resten van een BMX-rijder worden gevonden in een rottende massa op het dak van een magazijn na een mislukte poging om een fietsstunt uit te voeren. Terwijl Booth en Brennan de mederijders van het slachtoffer ondervragen, identificeren Hodgins en zijn inmiddels wat kalmere "scheel kijkende" Fisher de talloze breuken in het skelet van het slachtoffer, en Angela reconstrueert de gebeurtenissen die tot het fatale ongeluk hebben geleid. Maar wanneer Booth en Brennan de gestolen fiets van het slachtoffer vinden en er glasvezel op de plaats delict wordt aangetroffen, concludeert het team dat het slachtoffer door stomp geweld om het leven is gekomen, waardoor zijn dood een crimineel onderzoek wordt. Ondertussen vraagt Sweets Booth om advies over hoe ze Daisy ten huwelijk moet vragen, en Booth maakt een groots gebaar om Hannah te laten zien hoeveel hij van hun relatie houdt.

De vloeibare resten van een weddingplanner worden op Valentijnsdag in haar zonnebank gevonden. Cam zet haar team onder druk om de zaak op tijd op te lossen, zodat ze de feestdag met haar vriend kan vieren. Terwijl de "squints" onvermoeibaar in het lab werken, ondervragen Booth en Brennan een reeks mogelijke verdachten totdat ze geheime bestanden op de computer van het slachtoffer ontsluiten, wat leidt naar hun hoofdverdachte. Ondertussen bagatelliseren Booth en Brennan het belang van Valentijnsdag, en probeert Hodgins een romantische dag voor Angela te plannen, maar "squint" Clark helpt hem inzien dat de meest waardevolle cadeaus uit het hart komen.

Na de beruchte moord op "De Grafdelver" slaat de voortvluchtige sluipschutter Jacob Broadsky (gastacteur Arnold Vosloo) opnieuw toe. Dit keer is zijn slachtoffer een eerdere verdachte die aan de justitie is ontsnapt. Vastbesloten om Broadsky te pakken, gebruikt Booth zijn militaire training om de sluipschutter met zijn eigen wapens te verslaan. Hij zweert tot het uiterste te gaan om ervoor te zorgen dat gerechtigheid geschiedt. In een verhitte en dramatische confrontatie heeft Booth slechts enkele minuten om Broadsky te pakken voordat hij zijn beoogde doelwit raakt, maar Broadsky's vaardigheid en snelheid zouden wel eens een geduchte tegenstander kunnen blijken. Ondertussen bezoekt Angela's vader (gastacteur Billy F. Gibbons) het Jeffersonian en staat erop zijn ongeboren kleinkind een naam te geven.

Een hevige sneeuwstorm zorgt voor een stroomstoring in de hele stad, wat de obstakels vergroot die het team moet overwinnen om een moordzaak op te lossen die mogelijk verband houdt met een virale uitbraak. Maar wanneer Booth en Brennan vast komen te zitten in een lift tijdens de stroomuitval, schiet Sweets te hulp, maar hij gaat verder dan van hem verwacht wordt wanneer hij een gevoelig gesprek aanknoopt over de relatie tussen Booth en Brennan. Ondertussen krijgen Angela en Hodgins verontrustend nieuws over de gezondheid van hun ongeboren baby, en Hodgins en de 'scheelziende' Wendell Bray (gastacteur Michael Grant Terry) gaan creatief aan de slag in het lab en gebruiken hun wetenschappelijke vaardigheden om het slachtoffer en de zeldzame ziekte te identificeren.

Na een recente overstroming aan de grens tussen de VS en Canada spoelen zeven paar verminkte voeten aan, maar er klopt iets niet wanneer zes paar voeten worden geïdentificeerd als proefdieren van een nabijgelegen universiteit. Wanneer de Canadese forensisch podoloog Dr. Douglas Filmore de resten mee terugneemt naar Canada, slaan hij en Brennan de handen ineen om de voetenparen te matchen en het slachtoffer te identificeren. Een zeldzaam en duur paar sneakers leidt het team uiteindelijk naar de moordenaar. Ondertussen komt Cam in de problemen wanneer ze achter de rug van haar dochter plannen maakt voor haar studiekeuze.

De stoffelijke resten van een presentator van een televisieprogramma dat mythes ontkracht, worden in de wildernis gevonden. Het lijkt erop dat hij is gedood door de mythische Chupacabra, een hybride wezen van reptiel en zoogdier waarvan het bestaan niet is bevestigd. Het team ontdekt al snel dat het slachtoffer naar het afgelegen gebied in West Virginia was gereisd om de mythe van de Chupacabra te ontkrachten.

Booth en Brennan gaan op schattenjacht.

Het team identificeert de stoffelijke resten van een succesvolle reclameman, gevonden op het terrein van een nieuw aangelegde speeltuin bij een buurthuis. Na inspectie van de woning van het slachtoffer en ondervraging van zijn ex-partner en werkgever, ontdekken Booth en Brennan dat het slachtoffer bruggen achter zich had verbrand door een agressieve houding aan te nemen ten opzichte van eerlijkheid en lid was van een radicale steungroep voor eerlijkheid. Ondertussen probeert elk teamlid een eerlijkere manier van communiceren te vinden, wat niet altijd leidt tot goede relaties, en spoort Angela Hodgins aan om de realiteit van hun zwangerschap onder ogen te zien.

Een 15-jarig meisje, Jane Doe, die slechthorend is en niet kan communiceren, wordt bloedend en met een mes in haar hand op straat gevonden. Het team vermoedt dat zij verantwoordelijk is voor een recente moord. Ondertussen houdt Angela Hodgins in het ongewisse over de details van haar zwangerschap.

Wanneer de voortvluchtige sluipschutter Jacob Broadsky (gastacteur Arnold Vosloo) opnieuw een slachtoffer maakt, is Booth vastbesloten om zijn ongrijpbare vijand te pakken. Nadat een kogel die voor Booth bedoeld was een onschuldig slachtoffer raakt, maakt Booth er zijn missie van om Broadsky voor eens en voor altijd te arresteren.

De onherkenbare en gruwelijke resten van een mannelijke bowler worden gevonden in de automatische pinsetter van een bowlingbaan. Brennans vader is lid van het bowlingteam van het slachtoffer, maar is door een blessure uitgeschakeld. Omdat er geen aanknopingspunt is in de zaak, gaan Booth en Brennan undercover en sluiten zich aan bij het competitieve bowlingteam om aanwijzingen over het slachtoffer te vinden.

Wanneer het team van het Jeffersonian de stoffelijke resten van een vrouw identificeert die op een paintballveld zijn gevonden, ontdekken ze twee meldingen van vermissing in haar dossier. Booth (David Boreanaz) en Sweets (John Francis Daley) ondervragen de echtgenoot van het slachtoffer (gastacteur Brad Greenquist) en komen erachter dat ze aan retrograde amnesie leed. Maar wanneer de scherpzinnige Wendell Bray (gastacteur Michael Grant Terry) ontdekt dat ze ook een schotwond heeft overleefd, onthullen inconsistenties in haar medische dossiers een verrassend misdrijf dat verband houdt met haar moord. Ondertussen proberen Brennan (Emily Deschanel) en Booth te wennen aan hun nieuwe leven als aanstaande ouders en de veranderingen die hun gezinsleven te wachten staan.

Het team van het Jeffersonian Institute identificeert de overblijfselen van een kampioen in competitief eten, slechts enkele dagen voor de start van de Gluttony Games, een prestigieuze eetwedstrijd met een prijzenpot van $10.000. Het opmerkelijke werk van de briljante Finn – een voormalig jeugddelinquent – koppelt obscuur bewijsmateriaal dat in de buik van een slang is gevonden aan natuurkundige wetten, wat helpt bij het oplossen van de misdaad. Ondanks zijn genialiteit in het lab wordt Finn met vijandigheid en scepsis ontvangen, waardoor Cam haar beslissing om hem een nieuwe kans te geven in twijfel trekt. Ondertussen wordt Booth overvallen door een aankondiging van Brennan over hun baby. Om de spanning tussen hen te verminderen, besluiten ze te experimenteren door zich in elkaars schoenen te verplaatsen.

Nadat de stoffelijke resten van een vrouwelijke directeur van een speelgoedbedrijf in krimpfolie verpakt samen met een Prins Charmant-pop worden gevonden, geeft de CEO van het bedrijf (gastrol Morgan Fairchild) Booth en Sweets toegang tot het streng geheime prototypelab van het hoofdkantoor. Daar komen details over het privéleven van het slachtoffer aan het licht. Ondertussen bereidt Sweets zich, gesteund door zijn vriendin Daisy Wick (gastrol Carla Gallo), voor op zijn wapenvergunningsexamen, ondanks Booths bezwaar tegen het dragen van een wapen. De aanstaande moeder Brennan vraagt zich af of ze wel een goede moeder zal zijn en gebruikt de zaak om het belang van speelgoed en spelen met haar kind te begrijpen.

In verschillende brievenbussen van een postkantoor worden verminkte stoffelijke resten gevonden. Het team van het Jeffersonian identificeert het slachtoffer als een medewerker van een lokale Ship ’n’ Print-vestiging, waar het personeel onlangs de winst van een loterij had verdeeld. Het team ontdekt een ingewikkelde driehoeksverhouding tussen twee getrouwde medewerkers en het slachtoffer. Hoewel het motief naar de echtgenoot (gastacteur Ben Savage) wijst, leidt een cruciale aanwijzing hen naar de definitieve oplossing van de misdaad. Ondertussen brengt Booths grootvader (gastacteur Ralph Waite) onverwacht nieuws, en leert Special Agent Genny Shaw (gastactrice Tina Majorino) hoe belangrijk teamwork is.

Een stormjager raakt verstrikt in een dodelijke tornado.

Een raadselachtige boodschap, geschreven met menselijk bloed, wordt ontdekt bij een nationaal monument. Terwijl het team van het Jeffersonian op zoek gaat naar de oplossing van de zaak, beseffen ze dat hun technisch onderlegde verdachte (gastacteur Andrew Leeds) hen steeds een stap voor is. Ondertussen zoeken Booth en Brennan naar het perfecte huis voor hun nieuwe gezin.

De stoffelijke resten van een ontsnapte gevangene worden gevonden in een riool in een woonwijk, maar onderzoek van de rioolbuizen wijst uit dat de moord binnen de gevangenismuren heeft plaatsgevonden. Brennan staat erop de misdaad op te lossen – ondanks Booths smeekbeden om het rustig aan te doen – en het aanstaande ouderpaar beleeft een zeer ongebruikelijke geboorte van hun dochtertje.

Met de hulp van Special Agent Genny Shaw (gastrol van Tina Majorino) identificeert het Jeffersonian-team de stoffelijke resten van een koopjesjager en "extreme coupongebruiker" die door een vrachtwagen over de weg werd gesleept. Ondertussen probeert Brennan te wennen aan haar eerste werkdag na de geboorte van haar kind, en keurt Cam de relatie van haar dochter met stagiair Finn Abernathy (gastrol van Luke Kleintank) af.

De zaak van Brennan en Booth is een hachelijke situatie.

Het lijk van een medewerker van een transportbedrijf wordt midden in het bos gevonden. Nadat de zoon van het slachtoffer is ondervraagd, bezoeken Booth en Brennan zijn karateles op zoek naar een motief. Terug in het lab koopt Hodgins veel te veel laboratoriumapparatuur. Dan keert Booths zoon Parker terug uit Engeland en Brennan maakt zich zorgen over hoe hij zal reageren op zijn pasgeboren zusje.

Wanneer er nog een lichaam in het bos wordt gevonden, blijkt het te gaan om een slachtoffer van een familievete.

Brennan en Booth reizen af naar Los Angeles om te overleggen over de filmproductie gebaseerd op Brennans nieuwste boek.

De kwaadaardige techneut Christopher Pelant (gastacteur Andrew Leeds), een verdachte in een eerdere zaak die Brennan en Booth behandelden, staat opnieuw voor de rechter in hoger beroep. Wetende waartoe hij in staat is, informeren Brennan en Booth de rechter dat hij verdacht wordt van twee moorden. Vervolgens worden Brennan en Booth opgeroepen naar de plaats delict van een nieuwe moord. Nadat ze hebben vastgesteld dat het slachtoffer een vriend van Brennan is, die ook banden heeft met Pelant, werkt het Jeffersonian-team eraan om zijn schuld voor eens en voor altijd te bewijzen. Maar wanneer de politie de bevindingen van het team onderzoekt, blijken belangrijke bewijsstukken naar Brennan te verwijzen en valt de verdenking op haar.

Brennan (Emily Deschanel) is, nadat ze van moord is beschuldigd, op de vlucht voor de FBI, met hulp van haar vader Max (gastacteur Ryan O’Neal). Booth (David Boreanaz) en het Jeffersonian-team zijn ervan overtuigd dat de kwaadaardige techneut Christopher Pelant (gastacteur Andrew Leeds) belangrijk bewijsmateriaal in de zaak heeft gemanipuleerd om Brennan als hoofdverdachte aan te wijzen. Dan leidt een anonieme tip het team naar de stoffelijke resten van een schooldecaan, die mogelijk de sleutel vormen tot het bewijs van Brennans onschuld.

Het team van het Jeffersonian onderzoekt de moord op een invloedrijke echtscheidingsadvocaat met veel vijanden. De zaak wordt complexer wanneer het team ontdekt dat de vrouw en assistente van de advocaat cruciaal bewijsmateriaal achterhouden dat de zaak zou kunnen oplossen. Ondertussen probeert Brennan haar leven weer op te pakken na haar vlucht, en lopen de spanningen tussen haar en Booth op nu de gevolgen van hun drie maanden durende scheiding hun tol beginnen te eisen.

Na een explosie in een hotelgarage moet het Jeffersonian-team de gevonden stoffelijke resten onderzoeken om ze aan het slachtoffer te koppelen. Het onderzoek wordt alleen maar ingewikkelder wanneer ze ontdekken dat de man die ze dood waanden, nog leeft. Ondertussen moet Booth een bureauopdracht aannemen om het budget van de afdeling goedgekeurd te krijgen, zodat hij promotie kan maken. Daarom krijgt Sweets een tijdelijke partner, FBI-agent Olivia Sparling (gastactrice Danielle Panabaker).

Het team van het Jeffersonian onderzoekt de dood van Jared Drew, een medewerker van een dierenexpositie, en tijdens hun onderzoek raken ze betrokken bij de illegale handel in dieren. Ondertussen denkt Brennan dat ze een uitstekende presidentskandidaat zou zijn, en de relatie tussen Sweets en Daisy ondergaat een grote verandering.

Het team van het Jeffersonian onderzoekt de dood van een vrouw van wie het verminkte lichaam in een vuilnisbak in de stad werd gevonden. Ondertussen nodigt Booth Sweets uit om bij hem en Brennan te blijven logeren terwijl Sweets op zoek is naar een nieuw appartement.

Wanneer Brennan (Emily Deschanel) gefascineerd raakt door basketbal en de onderliggende concepten van Phil Jacksons filosofie van 'teamwork', roept ze vijf van haar beste stagiaires op om de taak te volbrengen om stoffelijke resten te identificeren die als onherkenbaar zijn aangemerkt. Tijdens hun onderzoek ontdekken de stagiaires de identiteit van een man die omkwam bij de terroristische aanslagen van 9/11, wat het team ertoe aanzet te onderzoeken of hij een dader of een slachtoffer was.

Het team van het Jeffersonian onderzoekt de dood van een expert in het schoonmaken van plaats delicten. Zijn stoffelijke resten worden op mysterieuze wijze aangetroffen in een ondoordringbare capsule die op het strand is aangespoeld. Ondertussen ontdekken Angela en Hodgins dat Cam een geheime romance heeft.

Een straatartiest, die stiekem zijn kunst op een reclamebord plakt, valt en komt recht in zijn eigen lijm terecht – en in menselijke resten. Het team moet dus niet alleen uitzoeken wie het slachtoffer is, maar ook een strategische manier vinden om het deel van het lijk dat nog aan de straatartiest vastzit te verwijderen. Ondertussen probeert Booth zijn geluk bij een 'open mic'-avond in een comedyclub om potentiële verdachten te vinden, en Angela's liefde voor kunst zorgt ervoor dat ze zich aangetrokken voelt tot de straatartiest.

Het team onderzoekt de dood van een jongen die nog niet klaar was om naar het hiernamaals te gaan.

In de eerste zaak onderzoekt het Jeffersonian-team de dood van een professionele ballroomdanseres die drie dagen voor haar auditie voor een populaire danswedstrijd werd vermoord. Om de zaak op te lossen, gaan Brennan (Emily Deschanel) en Booth (David Boreanaz) undercover als dansers om te kijken of ze potentiële verdachten kunnen vinden. Vervolgens onderzoekt het team de moord op een bekende archeoloog met een twijfelachtige reputatie, die vlak voor zijn dood een carrièrebepalende ontdekking deed.

In de eerste zaak onderzoekt het Jeffersonian-team de dood van een professionele ballroomdanseres die drie dagen voor haar auditie voor een populaire danswedstrijd werd vermoord. Om de zaak op te lossen, gaan Brennan (Emily Deschanel) en Booth (David Boreanaz) undercover als dansers om te kijken of ze potentiële verdachten kunnen vinden. Vervolgens onderzoekt het team de moord op een bekende archeoloog met een twijfelachtige reputatie, die vlak voor zijn dood een carrièrebepalende ontdekking deed.

Nadat Hodgins en Angela gedrogeerd waren en wakker werden met een bloederig lijk dat in het baldakijn van hun bed hing en bloemblaadjes rond de wieg van hun zoon Michael, moeten ze geloven dat Pelant is teruggekeerd voor wraak op Hodgins. Hoewel Hodgins Pelant direct wil aanpakken, weet Booth dat het beter is om binnen de regels te werken en niet tegen het protocol in te gaan. Ondertussen ontdekt het Jeffersonian-team, tijdens hun onderzoek naar het lijk, dat het slachtoffer een agent van de Special Forces was die werkte voor 's werelds grootste leverancier van huurlingen. Angela en Hodgins besluiten daarom, omwille van hun gezin, een onderzoek te starten zonder de rest van het Jeffersonian-team.

Het team van het Jeffersonian onderzoekt de stoffelijke resten van twee lichamen die op hetzelfde graf zijn gevonden: dat van een vrouwelijke kankerpatiënt en dat van haar 'doula', die haar begeleidde in haar rouwproces. Ondertussen, met de zaak in de schijnwerpers, bespreken Brennan en Booth hun persoonlijke wensen voor de uitvaart. Ook keert Daisy Wick (gastactrice Carla Gallo) terug voor haar eerste zaak sinds haar relatiebreuk met Sweets.

Brennan en Booth onderzoeken de dood van een vrouwelijke roller derby-skater wiens lichaam in stukken is gesneden. Om meer antwoorden te krijgen, schakelen ze Angie in om undercover te gaan als roller derby-skater. Ondertussen probeert Cam de details te achterhalen achter Booths geheimzinnige ziekenhuisafspraken.

Wanneer Brennan (Emily Deschanel) wordt neergeschoten terwijl ze laat aan het werk is in het Jeffersonian-laboratorium, wordt ze in kritieke toestand naar het ziekenhuis gebracht. Daar worstelt ze met visioenen van haar moeder die haar gebruikelijke logica tarten. Ondertussen wijst alles erop dat de aanvaller van Brennan mogelijk banden heeft met het Jeffersonian.

Het team van het Jeffersonian onderzoekt de stoffelijke resten van een 15-jarige jongen. Hoewel zijn moeder en een paar goede vrienden hem als intelligent maar sociaal onhandig beschouwden, ontdekt het team dat deze ogenschijnlijk onschuldige jongen betrokken was bij illegale activiteiten en twee weken eerder een schoolfeest had bezocht waar drugs aanwezig waren. Het onderzoek neemt een grimmige wending wanneer een minderjarig meisje bekent verkracht te zijn en de reputatie van de overleden jongen in het geding komt. Ondertussen, nu de zaak draait om bedrog, overweegt stagiair Finn Abernathy (gastacteur Luke Kleintank) om Cam (Tamara Taylor) te vertellen dat haar dochter Michelle (gastactrice Tiffany Hines) een weekendje op bezoek is.

Wanneer de hoogopgeleide nieuwe stagiair Dr. Oliver Wells (gastacteur Brian Klugman) bij het Jeffersonian begint te werken, daagt zijn leergierige en enthousiaste persoonlijkheid Brennan uit. Hij werkt haar op de zenuwen met zijn excentrieke maar onmiskenbare observaties, waardoor ze probeert een meer open houding aan te nemen ten opzichte van veel wetenschappelijke vraagstukken. Ondertussen maakt Booth zich zorgen dat ze te ver is gegaan door de mogelijkheid van tijdreizen als factor in een moordonderzoek te accepteren.

Het team van het Jeffersonian onderzoekt de dood van Symchay Conteh, een jonge man wiens stoffelijke resten werden gevonden in een vat bij een stortplaats voor gevaarlijk afval. Ze ontdekken dat het slachtoffer een immigrant uit Sierra Leone was die verschillende bijbaantjes had om rond te komen. Ondertussen, naarmate het team dieper in het onderzoek duikt, wordt het voor Cam en Arastoo (gastacteur Pej Vahdat) steeds moeilijker om hun relatie geheim te houden en proberen Brennan en Booth een vakantiebestemming te kiezen.

Wanneer het Jeffersonian-team de dood onderzoekt van een voormalige sergeant van de mariniers, wier stoffelijke resten tot as verbrand zijn aangetroffen, ontdekken ze dat ze ontslagen was na een vuistgevecht met een andere marinier. Wanneer Booth en Sweets de andere marinier die bij de ruzie betrokken was, ondervragen, komen ze erachter dat Deanna geobsedeerd was door het idee van de apocalyps. Dit leidt het team naar een groep doomsday preppers die belangrijke verdachten worden in haar dood. Ondertussen denkt Sweets dat hij zijn droomappartement heeft gevonden, maar Brennan en Booth zijn er niet van overtuigd dat hij er daadwerkelijk zal verhuizen.

Een undercoveragent, die een reeks geldautomaatovervallen onderzocht, wordt dood aangetroffen in een busje. In zijn verminkte lichaam wordt een zak met diamanten gevonden. Het team van het Jeffersonian moet nu uitzoeken of de geldautomaatovervallers ook moordenaars zijn, of dat de agent corrupt was. Ondertussen is Brennan het onderwerp van een documentaire die is gemaakt om geld in te zamelen voor het Jeffersonian, en ze worstelt om sympathiek over te komen voor de camera.

Het team van het Jeffersonian onderzoekt de moord op een tv-producer. Ondertussen heeft Brennan moeite te accepteren dat Christine misschien een 'gemiddeld' kind is, wanneer haar dochter ervan wordt beschuldigd een klasgenoot te hebben gebeten. Vervolgens gebruikt Hodgins al zijn middelen bij het Jeffersonian om Finns speciale hete saus chemisch na te maken.

Het team van het Jeffersonian onderzoekt de moord op Jack Spindler, overdag een succesvolle medewerker bij een effectenmakelaardij, maar 's nachts een stripper. Wanneer het team ontdekt hoe Spindlers bijbaantjes zijn privéleven beïnvloedden, beginnen ze de mensen die het dichtst bij hem stonden te ondervragen, waaronder zijn vriendin en stripper Storm.

Het team van het Jeffersonian Institute zet alles op alles om een virusuitbraak te voorkomen tijdens het onderzoek naar de moord op journaliste Mia Garrett, nadat haar besmette lichaam is gevonden in een bioveiligheidsfaciliteit. Wanneer het gemuteerde virus dat Mia fataal werd ook stagiair Arastoo Vaziri (gastacteur Pej Vahdat) infecteert, is hun enige kans om hem te redden het oplossen van de moord. De spanning en emotie lopen op terwijl het team tegen de klok racet om de moordenaar – en het geneesmiddel – te vinden.

Wanneer de kwaadaardige techneut Christopher Pelant (gastacteur Andrew Leeds) terugkeert om het Jeffersonian-team te treiteren tijdens hun nieuwste onderzoek, ontdekken ze dat de reeks moorden verband houdt met FBI-agenten die dicht bij Booth (David Boreanaz) staan. Ondertussen, terwijl het onderzoek vordert, beseft Sweets dat het bewijsmateriaal hem maar al te bekend voorkomt en begint Brennan haar relatie met Booth te heroverwegen wanneer er aanwijzingen zijn dat hij een potentieel doelwit van Pelant zou kunnen zijn.

In de eerste aflevering van het seizoen van BONES onderzoekt het team stoffelijke resten die in een airconditioningunit zijn gevonden. Booth zoekt advies over zijn relatie met Brennan, nu Pelant een wig tussen hen heeft gedreven.

Het team van het Jeffersonian onderzoekt de moord op Adam Pak, een managementconsultant wiens stoffelijke resten werden gevonden terwijl ze werden opgegeten door lynxen. Wanneer bewijsmateriaal het team naar een huwelijksretraite leidt, gaan Brennan en Booth undercover als hun eerdere alter ego's "Roxie" en "Tony" om meer bewijsmateriaal te vinden. Tijdens hun verblijf in de retraite ontmoeten Brennan en Booth het echtpaar Bill en Evelyn Schumacher, wier relatie wel erg perfect lijkt. Ondertussen wordt Cam per ongeluk gearresteerd wanneer haar identiteit wordt gestolen en besluit Sweets verlof te nemen bij de FBI.

Het team van het Jeffersonian onderzoekt de moord op Jamie Delcampo, een lid van de Estrellas Locas-gang, wiens stoffelijke resten werden gevonden in een uitgebrande auto. Ondertussen besluit Sweets, die na Pelants laatste aanval op het team tijdelijk zijn baan bij de FBI had opgezegd, toch mee te helpen met het onderzoek wanneer hij ontdekt dat een jonge jongen uit het centrum waar hij vrijwilligerswerk doet, de zoon is van een van de bendeleden.

Pelant (gastacteur Andrew Leeds) is terug, en de leden van het Jeffersonian-team willen voor eens en voor altijd een einde maken aan de macht die hij over hen heeft. Wanneer een menselijk lijk voor onderzoek aan het team wordt nagelaten, bedenken ze, met de hulp van Special Agent Hayes Flynn (gastacteur Reed Diamond), een plan om het lijk zo te plaatsen dat het lijkt alsof Pelant een moord in scène heeft gezet. Zo willen ze de aandacht van Pelant afleiden en hem ontmaskeren. Hun plan loopt echter mis wanneer Pelant hen een stap voor is en iemand vermoordt die Booth na aan het hart ligt. Ondertussen keert Sweets terug van zijn verlof en is ervan overtuigd dat Agent Flynn niet is wie iedereen denkt dat hij is.

Het team van het Jeffersonian onderzoekt de moord op Charlie McCord, een schooldirecteur die, nadat hij te horen kreeg dat hij terminale kanker had, een website oprichtte waar mensen tegen betaling inspirerende video's van hem konden kopen. Wanneer het team een verdachte video vindt waarin Charlie voormalig UFC-lichtzwaargewichtkampioen Chuck Liddell (die zichzelf speelt) in het gezicht slaat, leidt dit het team naar Charlies bucketlist, wat hen uiteindelijk dichter bij de oplossing van de zaak brengt. Ondertussen beginnen Brennan en Booth eindelijk met de planning van hun bruiloft en zou Sweets wel eens vervangen kunnen worden door een virtueel profileringssysteem.

Het team van het Jeffersonian onderzoekt de moord op Nancy Handelman, wier lichaam werd gevonden tijdens de repetitie voor de bruiloft van Brennan en Booth. Wanneer de zaak ernstiger wordt, doen Cam en Angela er alles aan om de details van het onderzoek voor Brennan geheim te houden, zodat ze zich kan blijven concentreren op haar grote dag.

Tijdens hun huwelijksreis in Buenos Aires kunnen Brennan en Booth niet zomaar ontspannen. Daarom besluiten ze Raphael Valenza, een lokale detective en groot fan van Brennans boeken, te helpen bij het oplossen van de moord op een nazi-oorlogsmisdadiger wiens stoffelijke resten zijn gevonden in een historisch massagraf.

Het team van het Jeffersonian onderzoekt de moord op Sean Nolan, een mislukt model wiens lichaam verstrengeld in een beverdam wordt gevonden. Het team ontdekt al snel dat Nolans vruchteloze modellencarrière hem alleen nog maar geld had met spermadonaties. Wanneer het team echter ontdekt dat hij documenten vervalste, beginnen ze iedereen te verdenken die door zijn donaties in de steek is gelaten. Ondertussen worstelt Brennan met sociale conventies en tact wanneer ze betrokken raakt bij een ruzie met schrijfster Tess Brown, en Hodgins komt in contact met zijn moederinstincten wanneer hij een vliegenlarve in huis neemt.

Brennan is jurylid in de zaak tegen profvoetballer Peter Kidman, die beschuldigd wordt van de moord op zijn vrouw. Wanneer ze puur objectief probeert te bewijzen dat de moordenaar onschuldig is, wordt zijn beste vriend, een belangrijke getuige in de zaak, dood aangetroffen. Het team van het Jeffersonian moet samenwerken om te bewijzen dat de voetbalster wel degelijk schuldig is aan de moord op zowel zijn vrouw als zijn vriend.

Het team van het Jeffersonian onderzoekt de moord op een voedingswetenschapper wiens stoffelijke resten in een vleesmolen werden gegooid en vermengd met blikken stoofpot die in een schoolkantine werden geserveerd. Wanneer het team de nieuwste – en zeer lucratieve – voedseluitvinding van de wetenschapper ontdekt, beginnen ze het spoor te volgen van jaloerse concurrenten in de multimiljoenenindustrie van de voedingsindustrie. Ondertussen plant Angela een vrijgezellenfeest voor Brennan na zijn bruiloft, maar het loopt uit de hand.

Het team van het Jeffersonian onderzoekt de moord op een nationaal gerangschikte gymnaste, wier stoffelijke resten door de bliksem werden getroffen en verspreid raakten over een openbaar park. Hoewel het bewijsmateriaal wijst naar een medegymnaste als hoofdverdachte, ontdekken Brennan en Booth dat het slachtoffer een dubbelleven leidde. Ondertussen raakt Booth van streek wanneer Brennan verrassend veel empathie toont voor de vader van het slachtoffer, en confronteert Cam de vrouw die haar identiteit heeft gestolen.

Het team van het Jeffersonian onderzoekt de dood van Lana Brewster, een meisje van wie de stoffelijke resten bij Brennan en Booth thuis worden afgeleverd door iemand die gelooft dat haar dood 18 jaar geleden geen ongeluk was. Wanneer het team ontdekt dat Lana is vermoord en haar dood is verzwegen, worden mensen uit haar verleden belangrijke verdachten, waaronder een ex-vriendje met wie Hodgins bevriend was. Ondertussen begint Brennan weer te dromen over de kwaadaardige techneut Pelant en over een mogelijk nog gruwelijker moordenaar, van wie ze beseft dat hij betrokken zou kunnen zijn bij Lana's dood.

Het team van het Jeffersonian Institute onderzoekt de dood van Colin Haynes, een worstelende countryzanger wiens stoffelijke resten in een ondiep graf werden gevonden. Wanneer het team meer te weten komt over de muziekcarrière van het slachtoffer, leidt dit hen naar zijn platenlabel, dat, zo ontdekken ze, oneerlijk met hem omging. Ondertussen breekt stagiair Wendall Bray zijn arm tijdens een hockeywedstrijd en Brennan onderzoekt zijn verwondingen van dichtbij, waarna hij schokkend nieuws ontdekt.

Wanneer het Jeffersonian-team het lichaam van een beroemde, maar impopulaire schaakmeester aantreft te midden van varkensvoer, verrast Sweets het team met zijn schaakvaardigheden en gaat hij undercover in de wereld van het professionele schaken om de moordenaar te vinden. Cam wordt geëerd in de speciale editie "Outstanding Woman of Science" van een bekend wetenschappelijk tijdschrift, maar aarzelt om mee te doen omdat ze Brennan niet wil beledigen, die vindt dat zíj de eer zou moeten krijgen. Ondertussen, tot grote ergernis van Brennan, neemt Dr. Douglas Filmore, de altijd opgewekte Canadese forensisch podoloog, de plaats van Cam in als labstagiair.

Het team van het Jeffersonian onderzoekt de moord op Lauren Frank, een ontvoeringsslachtoffer wiens stoffelijke resten begraven werden gevonden in een park. Maar wanneer ze de ongelukkige relatie tussen Lauren en haar stiefmoeder ontdekken, begint het team te vermoeden dat de moordenaar iemand was die dichter bij het meisje stond dan ze dachten. Ondertussen ontdekt Hodgins een schokkend geheim over zijn familie en staan Brennan en Booth voor een veelvoorkomend dilemma voor stellen: hun financiën wel of niet samenvoegen.

Booth werkt samen met de CIA om een moordenaar te vinden.

De stoffelijke resten van een incassomedewerker worden gevonden in een septische put, en het team van het Jeffersonian moet samenwerken om de moordenaar te vinden. Wanneer het team ontdekt dat het slachtoffer een problematisch verleden had, worden enkele belangrijke getuigen uit zijn jeugd potentiële verdachten. Ondertussen is de knappe en charmante Rodolfo Fuentes gedeserteerd uit Cuba, waar hij forensisch antropoloog was, maar hij heeft nu een stage nodig om zijn diploma te halen. Brennan stemt ermee in hem een kans te geven als stagiair bij een zaak, en Brennan en Booth bespreken of Christine een religieuze opvoeding zou moeten krijgen.

Het team onderzoekt de moord op een acteur uit een kindertelevisieprogramma.

Het team van het Jeffersonian Institute onderzoekt de stoffelijke resten van drie personen in één urn.

Het team van het Jeffersonian onderzoekt de dood van een kunstacademiestudente die worstelde met lupus. Haar stoffelijke resten werden gevonden in een boomstam in een bos. Wanneer het team ontdekt dat het slachtoffer cannabis gebruikte om haar pijn te verlichten, leidt dit hen naar de coffeeshop waar ze werkte. Daar ontdekken ze schokkende details die mogelijk hebben bijgedragen aan haar dood. Ondertussen keert stagiair Wendell Bray terug na een kankerbehandeling. Tijdens zijn werk aan de zaak begint hij meer te vertellen over zijn ziekte, wat leidt tot schokkend nieuws dat mogelijk zijn ontslag tot gevolg heeft. Booth bereidt zich voor op zijn FBI-bekwaamheidstesten.

Het team van het Jeffersonian onderzoekt de moord op een vrouw van wie de stoffelijke resten in een moeras werden gevonden. Wanneer het team ontdekt dat haar lichaam cryogenisch was ingevroren voordat het werd gedumpt, leidt dit hen naar een cryogene conserveringsfaciliteit waar ze meer te weten komen over het privéleven van het slachtoffer. Ondertussen aarzelt Cam om Arastoo's vader en moeder voor het eerst te ontmoeten en staat Booth op het punt een enorme promotie te krijgen die zijn hele familie op zijn kop zou kunnen zetten.

Het team van het Jeffersonian Institution onderzoekt de dood van Stephanie McNamara, de dochter van een rijke familie, wier stoffelijke resten werden gevonden in een nationaal park. Naarmate het team dieper graaft in de omstandigheden rond haar dood, leiden aanwijzingen uit de zaak hen tot de conclusie dat zij mogelijk het laatste slachtoffer is van de Ghost Killer, met een verrassende connectie met een eerder slachtoffer. Ondertussen toont de adjunct-directeur van de FBI bijzondere interesse in de spraakmakende zaak van het team en zou de carrière van Booth wel eens een wending kunnen nemen.

Het team van het Jeffersonian onderzoekt de dood van Brian Thomas, de hoofdcoach zwemmen van een community college, wiens stoffelijke resten op de bodem van een put werden gevonden. Wanneer mogelijke verdachten aan Brennan en Sweets vertellen dat Brian mogelijk een affaire had, graaft het team dieper en ontdekt details over Brians geheime leven. Ondertussen vervangt Sweets Booth in het onderzoek, terwijl Booth zich voorbereidt op zijn getuigenis voor een subcommissie van het Congres. Het Jeffersonian-team krijgt een nieuwe stagiaire die de aandacht van Sweets trekt.

Het team van het Jeffersonian onderzoekt de dood van Wesley Foster, een schrijver van complottheorieën op een blog, die met Booth had afgesproken om een eerdere zaak te bespreken voordat hij onverwacht overleed. Het team beseft dat de moordenaar van Foster niet wilde dat hij met Booth sprak en moet daarom zien te achterhalen wie er achter de dood zit en hoe de eerdere zaak relevant is. Terwijl Booth en het Jeffersonian-team dieper graven in de groeiende samenzwering rond de dood van Foster, wordt het duidelijk dat Booth zich in een lastig parket bevindt en komt zijn toekomst bij de FBI in gevaar.

Brennan en het Jeffersonian-team doen er alles aan om Booth uit de gevangenis te krijgen, zijn naam te zuiveren en hem vrij te pleiten van misdaden die hij niet heeft begaan. De stoffelijke resten van een man die al zestien jaar dood is, zouden wel eens de bron kunnen zijn van het hele complot van de overheid dat Booth uiteindelijk in de gevangenis heeft doen belanden. Ondertussen wordt Booth geconfronteerd met een uitdaging van een nieuwe en politiek ambitieuze FBI-agent (gastacteur John Boyd). Terwijl hij op zijn proces wacht, realiseert Booth zich ook dat veel van de gevangenen met wie hij vastzit, criminelen zijn die hij zelf heeft laten opsluiten. Daisy en Sweets hebben bovendien een verrassing voor de rest van het Jeffersonian-team.

Om te achterhalen wie Booth voor moord heeft laten opdraaien, onderzoekt het Jeffersonian-team, met de hulp van speciaal agent James Aubrey, wie er achter een samenzwering binnen de federale overheid zit die teruggaat tot J. Edgar Hoover. Wanneer er vervolgens buitenlands DNA wordt gevonden bij een eerder slachtoffer dat aan het schandaal is gelinkt, kan het team het aantal verdachten terugbrengen, waardoor ze dichter bij de oplossing van de zaak komen.

Met de hulp van stagiair Rodolfo Fuentes onderzoekt het Jeffersonian-team de moord op een controversiële conservatieve radiopresentator wiens stoffelijke resten in een rioolput werden gevonden. Wanneer het team enkele van zijn buitenschoolse activiteiten ontdekt, stuiten ze op schokkend bewijsmateriaal dat het aantal verdachten aanzienlijk verkleint. Ondertussen probeert speciaal agent James Aubrey wanhopig het vertrouwen van Booth te winnen, en maakt Brennan zich zorgen over Booths psychische gesteldheid na de recente gebeurtenissen.

Het Jeffersonian-team onderzoekt, met de hulp van speciaal agent James Aubrey, de moord op een videogameontwerper wiens stoffelijke resten in een rivier werden gevonden. Wanneer het team meer te weten komt over het fortuin dat het slachtoffer gedurende zijn carrière had vergaard, wordt iedereen die dicht bij hem stond verdacht. Het onderzoek neemt echter een onverwachte wending wanneer ze ontdekken dat het slachtoffer zijn eigen games op mensen speelde. Ondertussen vertelt stagiaire Jessica Warren het team over de educatieve coöperatie waar ze bij betrokken is geweest en bespreken Brennan en Booth de toekomst van Christine.

Het team van het Jeffersonian bezoekt een congres voor forensische wetenschap, waar Brennan de hoofdspreker is. Daar ontdekken ze de stoffelijke resten van een lichaam in een trappenhuis. Talrijke congresgangers bieden hun hulp en producten aan, en het bewijs wijst naar Dr. Hodgins als verdachte. Het team moet een manier vinden om zijn onschuld te bewijzen. Ondertussen komt Brennan haar rivale in de uitgeverswereld, Tess Brown, tegen en krijgt stagiair Wendell Bray te horen dat hij kanker heeft en keert terug naar het Jeffersonian-team.

Het team van het Jeffersonian onderzoekt de moord op een immigrantenvrouw die als huishoudster werkte. Haar stoffelijke resten werden langs de weg gevonden. Sandra Zins, de rijke voormalige werkgeefster van het slachtoffer, is een belangrijke verdachte in de zaak. Wanneer het team echter ontdekt dat het slachtoffer mogelijk illegaal het land was binnengekomen, beseffen ze dat de zaak veel complexer is dan aanvankelijk gedacht. Terwijl Cam en stagiaire Arastoo praten over een mogelijk huwelijk, lopen de spanningen tussen Brennan en Cam op, omdat Arastoo zijn proefschrift voorbereidt ter goedkeuring door Brennan.

Nadat zwaar beschadigde menselijke resten onder een draaimolen worden gevonden, begint het Jeffersonian-team een ingewikkeld onderzoek naar een hedgefonds met een waarde van miljarden dollars. Wanneer de baas van het slachtoffer een belangrijke verdachte wordt in het onderzoek, neemt de zaak een onverwachte wending als het team belastend bewijs tegen het slachtoffer ontdekt. Ondertussen wordt het onderzoek steeds moeilijker, omdat Aubrey een emotionele band met de zaak voelt en Booth en Brennan ruzie krijgen wanneer Christine voor het eerst vloekt.

Nadat een beroemde kruiswoordpuzzelmeester gevonden wordt op een locatie waar in een fracking-installatie in de stad gewerkt wordt, onderzoekt het Jeffersonian-team de medespelers van de puzzelkampioen om de moordenaar op te sporen. Wanneer ze ontdekken dat het slachtoffer aan een psychische aandoening leed toen hij stierf, beseft het team dat de zaak veel complexer is dan aanvankelijk gedacht. Ondertussen zoekt de hoogzwangere Daisy troost bij haar doula, Valentina, en arriveert het nieuwste lid van de Jeffersonian-familie.

Het team onderzoekt de moord op een universiteitsprofessor.

In een aflevering van BONES wordt Alfred Hitchcock geëerd, waarin de teams van het Jeffersonian Institute en de FBI opnieuw worden vormgegeven in het Hollywood van de jaren 50. Brennan speelt een rechercheur van de LAPD die te maken heeft met seksisme binnen het korps, en Booth is een beruchte juwelendief die veel meer is dan hij lijkt.

Het Jeffersonian-team, met de hulp van Angela's helderziende vriendin Avalon Harmonia, raakt verstrikt in de bizarre wereld van waarzeggers wanneer het ontbindende lichaam van een lokale helderziende in een boomstam wordt gevonden. Wanneer het team echter meer te weten komt over het privéleven van het slachtoffer, worden haar naasten verdacht. Ondertussen discussiëren Booth en Brennan over de voor- en nadelen van Christines nieuwe denkbeeldige vriend en herdenkt het team Sweets op zijn verjaardag.

Wanneer een welgestelde lerares dood wordt gevonden in een verlaten boekwinkel, worden de leraren en leerlingen van haar school verdachten in de zaak. Ondertussen moedigt Brennans uitgever haar aan om een Twitter-account aan te maken om haar fanbase te vergroten, en stagiaire Jessica Warren leert Brennan enkele trucjes om de Twitter-wereld te beheersen, vaardigheden die Brennan enthousiast in de praktijk brengt.

Wanneer het lichaam van een ex-gedetineerde in stukken wordt gevonden, onderzoekt het team van het Jeffersonian een lokale bakkerij die bekendstaat om het in dienst nemen van ex-criminelen. Maar al snel ontdekken ze dat het slachtoffer betrokken was bij een mislukte overval en beginnen ze verdachten uit het verleden van de ex-gedetineerde op het oog te krijgen.

Het team van het Jeffersonian Institute ontrafelt de onverwacht competitieve wereld van minigolf terwijl ze proberen de moord op de superster van de sport te reconstrueren. Ondertussen maakt Brennan zich zorgen dat haar vader Max terugvalt in zijn criminele neigingen en schakelt stagiair Wendell Bray Hodgins in om hem te helpen bij het repareren van een familiestuk van zijn vriendin.

Wanneer de stoffelijke resten van een gokker met hoge inzetten worden gevonden in een industriële papiervernietiger, dreigt Booth terug te vallen in zijn gokverslaving terwijl hij en Brennan zich verdiepen in de wereld van het illegale poker. Ondertussen vindt Hodgins een nieuw product uit dat verband houdt met het laboratorium, en ontdekken Brennan en Booth spannend nieuws.

De stoffelijke resten van een populaire tv-kok worden gevonden in een lokaal park, en het team van het Jeffersonian moet op zoek naar aanwijzingen in de restaurants die hij had beoordeeld. Wanneer bewijs wijst naar de Royal Diner, het favoriete restaurant van Brennan en Booth, moeten de twee hun status als bevoorrechte klanten op het spel zetten door het personeel te ondervragen. Ondertussen verkoopt Hodgins zijn nieuwe uitvinding voor miljoenen en componeert Brennan een anatomisch correct liedje om Christine te helpen meer te leren over de botten in het menselijk lichaam.

Wanneer de stoffelijke resten van een leerlinge van een privéschool in een greppel worden gevonden, vermoeden Brennan en Booth dat pesten een rol heeft gespeeld. Wanneer Brennan overeenkomsten ontdekt tussen haar eigen tienerjaren en die van het slachtoffer, begint het team zich af te vragen of de dood van het meisje wel echt moord was.

Het team probeert met man en macht de onschuld te bewijzen van een veroordeelde seriemoordenaar die op het punt staat geëxecuteerd te worden.

Wanneer een invloedrijk lid van het Iraanse parlement Arastoo ontvoert om hem te dwingen mee te werken aan een moordzaak, reizen Booth en Cam naar Iran. De rest van het Jeffersonian-team moet vervolgens tegen de klok racen om de moordenaar te ontmaskeren. Ondertussen ontdekt Brennan de waarheid over Booths groeiende gokverslaving en wendt ze zich tot Aubrey voor hulp om haar en Christine te beschermen tegen de dreigende bookmaker van haar man.

Wanneer het lichaam van een bekende koekjespottenverzamelaar wordt gevonden aan de oever van een rivier, moet het Jeffersonian-team zich verdiepen in de verzamelaarsgemeenschap van het slachtoffer om de moordenaar te pakken. Ondertussen worstelt Booth met Brennans beslissing om vanwege zijn gokverslaving uit huis te gaan en heeft Aubrey zijn oog laten vallen op een van de stagiaires.

Wanneer de stoffelijke resten van een ex-gevangene en motorbendelid die yogaleraar is geworden, worden gevonden na een bosbrand, moet het team zich een weg banen door de twee werelden van het slachtoffer om de moordenaar te vinden. Ondertussen blijft Booth hard werken om zijn gokverslaving te overwinnen en het vertrouwen van Brennan terug te winnen, en nemen Angela en Hodgins een belangrijke beslissing die hun toekomst bij het Jeffersonian zal beïnvloeden.

Een nieuwe zaak lijkt verband te houden met een protegé van Christopher Pelant.

Zes maanden na de gebeurtenissen van het vorige seizoen leiden Booth en Brennan ogenschijnlijk een droomleven. Maar een zaak die nauw verbonden is met het stel, dwingt Brennan om betrokken te raken bij de forensische analyse van de stoffelijke resten. Booth verdwijnt vervolgens op mysterieuze wijze, wat leidt tot een FBI-onderzoek naar zijn verblijfplaats.

Het team komt steeds dichter bij het achterhalen van Booths verblijfplaats.

Op de eerste officiële werkdag van Brennan en Booth terug op hun respectievelijke posities bij het Jeffersonian en de FBI, worden de zaken spannend wanneer er onder verdachte omstandigheden menselijke resten worden gevonden bij een viskwekerij, wat hen aanzet tot een onderzoek. Nadat ontdekt wordt dat iemand verschillende organen van het slachtoffer heeft verwijderd voordat hij in het water werd gedumpt, spoort Angela de verkoper en koper van de organen op om belangrijke details in de zaak te achterhalen. Ondertussen vindt Booth zijn draai weer bij de FBI en ontdekt hij dat Aubrey zijn oude kantoor heeft overgenomen; Hodgins spoort Angela aan om haar fotografiewerk te laten zien; en Cam worstelt met haar beslissing om haar werk boven haar relatie met Arastoo te verkiezen.

Wanneer de stoffelijke resten van makelaar Justin Ross in het bos worden gevonden en lijken te zijn vernield door kruisingen tussen coyotes en wolven, schakelt Brennan de hulp in van haar eveneens briljante collega, forensisch antropologe Dr. Beth Mayer, om te helpen bij het onderzoek. Brennan probeert zich niet te laten meeslepen door de concurrentie, terwijl Mayer indruk maakt op het team met haar expertise en prestaties.

Het is Halloween in The Jeffersonian, waar het team een verrassingsbezoek krijgt van luitenant Abbie Mills en Ichabod Crane. Ze zijn vanuit het griezelige stadje Sleepy Hollow gekomen om te helpen bij een moordzaak: het lichaam van een jonge vrouw is gevonden bovenop het onthoofde lichaam van een 18e-eeuwse generaal. Het nieuwe viertal moet uitzoeken hoe ze samen kunnen werken om te ontdekken wie het 200 jaar oude onthoofde lijk is en hoe de twee moorden met elkaar verband houden. Ondertussen bedenken Booth en Brennan de ultieme Halloween-grappen om elkaar mee te plagen in deze speciale aflevering.

Twee grappige vuilnisophalers ontdekken het verminkte lichaam van een Amerikaanse senator in een straatveegmachine. Dit leidt Brennan, Booth en het team naar Capitol Hill, waar ze senator en fractievoorzitter Hayley Winters en Eric Morales, de stafchef van het slachtoffer, ontmoeten om de waarheid achter deze politieke moord te achterhalen. Ondertussen begint Aubrey een relatie op te bouwen met stagiaire Laura en duikt hij in haar verleden om er zeker van te zijn dat niets zijn droom van een politieke carrière in de weg staat.

Het team onderzoekt de moord op een goochelaar die de dood niet kon ontlopen.

Het team onderzoekt de moord op een invloedrijke journalist.

Om een moord op te lossen, gaan Brennan en Booth undercover bij een schietwedstrijd in de stijl van het Wilde Westen, terwijl Angela en Hodgins de toekomst van hun gezin bespreken en Cam een band opbouwt met fotograaf Sebastian Kohl.

Het team onderzoekt de moord op een politieagent, een zaak die grote opschudding veroorzaakt binnen zowel het Jeffersonian- als het FBI-team. Gedragsanalist Leslie Green wordt aan Booth toegewezen om het onderzoek te leiden en geeft haar professionele inzichten over wie de moordenaar zou kunnen zijn, terwijl Cam belangrijke beslissingen moet nemen in haar persoonlijke leven en het hele team heroverweegt wat echt belangrijk voor hen is.

Na de explosieve seizoensfinale is Hodgins nu acht weken bezig met zijn revalidatie voor zijn verlamming en moet hij zijn leven in een rolstoel leiden. Ondertussen onderzoeken Brennan en Booth de dood van een openbare verdediger die meerdere verdachten uit eerdere zaken onder haar hoede had en die een motief had om haar te vermoorden.

Het team onderzoekt een lichaam dat is gevonden na een auto-ongeluk. De stoffelijke resten blijken van een oprichter van een mannenrechtenorganisatie te zijn, die mogelijk slachtoffer is geworden van huiselijk geweld. Terwijl Brennan meer te weten komt over de principes van de organisatie van het slachtoffer, die beweert dat blanke mannen van middelbare leeftijd onderdrukt worden en dat feministen mannenhaters zijn, verliest ze ongebruikelijk haar zelfbeheersing tijdens een verhoor en valt ze de medeoprichter van de organisatie aan. Ondertussen worstelen Angela en het team met de bitterheid van Hodgins na zijn rolstoelgebruik en is Booth ervan overtuigd dat Brennan een ongeluksvogel is voor de Philadelphia Flyers.

Het team onderzoekt meerdere sterfgevallen die verband houden met een seriemoordenaar.

Het Jeffersonian onderzoekt de moord op een veroordeelde crimineel die was vrijgelaten in een revalidatiecentrum, maar verdween. Een verdachte in de zaak heeft banden met Booth. Ondertussen getuigt Brennan tijdens een hoorzitting van de FBI over de omstandigheden rond haar aanval op een ongewapende verdachte in een eerdere zaak. De uitkomst van de hoorzitting zou kunnen leiden tot haar schorsing en haar belemmeren om nog langer voor de FBI te werken. De eerste kus tussen Aubrey en Jessica wordt opnieuw uitgesteld en Hodgins blijft Angela van zich afduwen.

Het team onderzoekt de dood van een "fixer".

Het team onderzoekt de dood van de leider van de mannelijke a capella-zanggroep "The Whippersnaps" van Lynwood University, wiens lichaam werd gevonden in het rattenlaboratorium van de universiteit. Ondertussen komt verrassende informatie over Aubrey's eigen studententijd aan het licht en solliciteert Hodgins naar een plek in een experimenteel onderzoek naar zenuwregeneratie.

Een dronken student ontdekt het lijk van een agent van de Secret Service vlak voor een presidentieel bezoek aan de regio. Booth wil meteen aan de slag en wendt zich tot Secret Service-agent en voormalig collega Brandt Walker voor informatie, maar is verrast te horen dat de Secret Service bedenkingen heeft bij Booths betrokkenheid bij de zaak. Het team ontdekt schokkend bewijsmateriaal dat de ernst van de zaak vergroot, waardoor Booth zich inzet voor zijn land. Ondertussen is Brennan ziek met griep en keert voormalig stagiair Dr. Colin Fisher terug naar het Jeffersonian om de leiding over de zaak te nemen, maar Brennan weigert buiten de besluitvorming te worden gehouden. Hodgins neemt bovendien een risico en slaat een nieuwe weg in na een potentieel gevaarlijk experiment.

Voor een televisie-item over het forensisch-medisch laboratorium van het Jeffersonian Institute volgt een documentaireploeg Brennan, Booth en het Jeffersonian/FBI-team tijdens een 'typische' zaak: het onderzoek naar een lijk dat meer dan tien jaar geleden in een vuilstortplaats is begraven. De camera legt beelden vast van het team aan het werk die normaal gesproken niet te zien zijn, terwijl openhartig commentaar van elk teamlid een kijkje achter de schermen van het onderzoek geeft. Booth en Aubrey tonen hun unieke vaardigheden in het veld, en Brennan en haar team bewijzen hun expertise en cruciale rol bij het oplossen van moordzaken.

Het team onderzoekt de dood van een populaire hockeyspeler.

Wanneer de stoffelijke resten van de beroemde miljardair en ontdekkingsreiziger Henry Charles in Antarctica worden gevonden, komt de spraakmakende zaak bij Brennan en Booth terecht om te bepalen of zijn dood moord was. Het team van het Jeffersonian bevestigt dat hij is vermoord toen hij tien jaar geleden vermist raakte tijdens een expeditie, maar de tijdsspanne plaatst Dr. Clark Edison van het Jeffersonian, die met Charles mee was op de expeditie, op de lijst van mogelijke verdachten. Ondertussen komt Cams zus naar de stad om te helpen met de huwelijksvoorbereidingen en komen oude familieruzies weer aan het licht.

Het team onderzoekt de vondst van een lichaam in een glasrecyclingfabriek, met een diamant in de kaak. De Franse inspecteur Rousseau benadert het team met een beschuldiging tegen de markies De Chaussin, die de echtgenoot van het slachtoffer blijkt te zijn en in Virginia woont. Ondertussen ontdekt Booth dat hij lijdt aan een tijdelijke oogaandoening en denkt Hodgins dat hij wordt achtervolgd door een geest.

Het team duikt opnieuw in het onderzoek naar een seriemoordenaar uit het verleden en probeert "De Poppenspeler" te vinden, die met de lichamen van zijn slachtoffers samenleeft voordat hij ze dumpt. Ondertussen worstelt Brennan met schuldgevoelens over haar pensionering vorig jaar en verwijt ze zichzelf dat ze de seriemoordenaar niet eerder heeft gestopt. Ze heeft echter geen idee dat ze zelf wel eens in de problemen zou kunnen komen.

Het laatste hoofdstuk van BONES gaat verder waar het vorige seizoen eindigde met een cliffhanger: Brennan is ontvoerd door haar voormalige assistent, Zack Addy, terwijl Booth en de rest van het lab wanhopig naar haar op zoek zijn. De redding van Brennan is echter slechts het begin van hun problemen.

Nadat het team het lichaam heeft gevonden van een man die betrokken was bij de ontwikkeling van robots met kunstmatige intelligentie, moeten ze uitzoeken of de AI-robot van het slachtoffer geprogrammeerd was om hem te doden. Ondertussen plant Bones een speciale verrassing voor iedereen ter gelegenheid van haar 40e verjaardag.

Wanneer het lichaam van een oude man wordt gevonden op een stortplaats voor zuur, raakt het team verwikkeld in een drama in een bejaardentehuis. Terwijl ze de zaak onderzoeken, begint het gesprek in het lab steeds meer te draaien om huwelijk en kinderen.

Het verleden is een doolhof.

Wanneer een tutor van bevoorrechte leerlingen dood wordt aangetroffen, onderzoekt het team alle mogelijke daders, van ontevreden ouders tot de huisgenoot van de tutor met een strafblad. Ondertussen is Bones gefrustreerd over de stem van haar luisterboek en probeert ze te bewijzen dat ze het zelf kan opnemen.

Wanneer het verminkte lichaam van Phyllis Paul, een succesvolle golfster die houthakker was geworden, wordt gevonden, moet het team naar de regionale kampioenschappen houthakkerssport reizen om de zaak te onderzoeken. Booth en Brennan ontdekken talloze geheimen die mogelijk tot Phyllis' moord hebben geleid, waaronder een affaire met een getrouwde rivale. Ondertussen analyseert Hodgins in het geheim de bacteriën op het bot van een eerder slachtoffer, waarvan hij gelooft dat ze de moordenaar, Zack Addy, zullen vrijpleiten.

Wanneer er in Washington D.C. een reeks lijken opduikt die banden hebben met Booths voormalige legereenheid, moet Booth in zijn verleden duiken om de moordenaar te vinden voordat die Booth vindt. Ondertussen verbergt Brennans vader, Max, een ernstige medische ingreep voor haar, waardoor ze worstelt met het vertrouwen in haar vader en zijn sterfelijkheid, en met het gevaar waarin haar familie verkeert.

Een recent verlies zorgt voor een breuk tussen Booth en Brennan, die elk op hun eigen manier met hun verdriet omgaan. Ondertussen komt een oude vlam uit Brennans verleden op bezoek.

Wanneer een jonge man omkomt bij een vreselijk ongeluk met een hooipers, vermommen Booth, Brennan en Aubrey zich als ordinaire figuren en gaan undercover bij een rumoerige slooprace om de zaak te onderzoeken. Ondertussen keert Dr. Gordon Wyatt terug en helpt Hodgins en Cam wanneer de lopende Gormogon-zaak vastloopt.

Wanneer het verbrande, gehavende lichaam van een aspirant-schrijver/regisseur neerstort op een voorbijrijdende auto, onderzoekt het team een reeks vreemde locaties en personages die verband houden met zijn film. Ondertussen zoekt Bones advies bij Dr. Mayer over de betekenis van passie op de werkvloer en laat Booth Aubrey de leiding nemen in hun huidige zaak.

In de voorlaatste aflevering van de serie ontvouwt zich het laatste verhaal van elk hoofdpersonage. Brennan getuigt voor Zach in het proces, Angela onthult belangrijk nieuws, terwijl Aubrey en Jessica tot overeenstemming komen over hun toekomst samen. Ondertussen ontdekt het team dat Kovac is ontsnapt, waardoor Booth een race tegen de klok moet voeren om zichzelf en zijn naasten te beschermen tegen wat wel eens Kovacs gevaarlijkste plan tot nu toe zou kunnen zijn.

Omdat Kovac nog steeds op vrije voeten is, zoekt het team naar bewijs om hem op te sporen. Nadat Brennan een tegenslag te verduren krijgt, moet de rest van het team uitzoeken hoe ze Kovac zonder haar kunnen vinden, waardoor alles wat ze hen ooit heeft geleerd op de proef wordt gesteld. Wanneer alles erop wijst dat Kovac hulp van buitenaf heeft en zich ergens schuilhoudt, gaan Booth en Brennan naar hem op zoek.