Na intense gevechten met machtige vijanden te hebben overwonnen, is de tijd eindelijk rijp voor Baki om het op te nemen tegen zijn vader, Yujiro Hanma, van wie wordt gezegd dat hij "het sterkste wezen op aarde" is. Voor dit gevecht kiest Baki Biscuit Oliva, ook bekend als Mr. Unchained, als geschikte sparringpartner. Oliva zit momenteel opgesloten in een gevangenis genaamd het "Zwarte Pentagon", waar alleen de meest gewelddadige criminelen zitten. Om tegen Oliva te kunnen vechten, laat Baki zich opsluiten in het Zwarte Pentagon. Naast zijn gewenste sparringpartner wacht hem hier echter ook een aantal angstaanjagende strijders.