Na afloop van het grootste vader-zoongevecht ter wereld worden Baki en andere legendarische vechters overmand door ondraaglijke verveling. Ondertussen wordt 364 meter onder de Tokyo Skytree een geheim plan in werking gezet om de meesterzwaardvechter Miyamoto Musashi te doen herrijzen... Deze dreigende nieuwe vijand, die in het heden is losgelaten, gebruikt zijn zwaardvechtkunsten met ongeëvenaarde kracht en snelheid om Baki en de anderen aan te vallen.
Baki en de sterkste vechters van de ondergrondse arena staan voor een dreiging van historische proporties: de tot leven gewekte Musashi Miyamoto, de beste samoerai van Japan.