In Deponia is de wereld vervallen tot een uitgestrekte vuilnisbelt, waar de knorrige Rufus zijn miserabele leventje leidt/lijdt. Hij maakt deel uit van de laagste sociale klasse, gedoemd om zijn leven door te brengen tussen (letterlijk) bergen met afval. Hij hoopt op een ingang naar de wereld van de rijken die in een zwevende stad hoog boven de wolken leven.