New York, 1964. De charismatische priester Brendan Flynn probeert een nieuwe wind te laten waaien door de strenge St. Nicholas school in de Bronx. Dat is niet naar de zin van de directrice, zuster Aloysius Beauvier, die met ijzeren hand waakt over de traditionele waarden in haar school. Wanneer zuster James aan haar overste toevertrouwt dat priester Flynn veel tijd doorbrengt met een nieuwe leerling, is dat voor zuster Aloysius het sein om een kruistocht te beginnen tegen priester Flynn.