Op een dag wordt de fantasierijke Johannes gewekt door een libel. De libel verandert in een elfje, genaamd Windekind. Deze verkleint Johannes en begeleidt hem naar een fantasiewereld. Hier ontmoet hij Robinetta, op wie hij verliefd raakt, en figuren als Wistik, Pluizer en Cijfer. Die personages staan symbool voor de verschillende stadia van Van Eedens jeugd, zo wordt vaak gezegd. In dit verhaal over volwassen worden worstelt de kleine Johannes voortdurend met de raadsels van het leven.
'De kleine Johannes' is een van Van Eedens bekendste boeken. Een ander is 'Van de koele meren des doods', dat in 1982 is verfilmd met onder anderen Renée Soutendijk, Derek de Lint en Peter Faber.
Voorgelezen door Cees van Ede, wiens diepe stem lange tijd tal van documentaireprogramma's in Nederland domineerde.