Wolverine reist naar het hedendaagse Japan. In een voor hem onbekende wereld wordt hij geconfronteerd met onverwachte tegenstanders. Wat volgt is een gevecht op leven en dood dat hem voor altijd zal veranderen. Voor het eerst in zijn leven is hij kwetsbaar en wordt hij lichamelijk en geestelijk zwaar op de proef gesteld. Niet alleen door het dodelijke staal van de Samoerai, maar ook door zijn innerlijke gevecht tegen onsterfelijkheid.