Nadat zijn geheugen is gewist komt Thomas terecht in een gemeenschap van jonge mannen. Als hij ontdekt dat ze gevangen zitten in een reusachtig doolhof, sluit Thomas zich aan bij de 'runners' die op gevaar van eigen leven een uitweg trachten te vinden. Niet alleen om uit het labyrint te ontsnappen, maar ook om het ijzingwekkende geheim, dat schuil gaat achter hun lot, te ontrafelen.