Samen met zijn gevaarlijke Foot Clan heeft de kwaadaardige Shredder iedereen in New York in zijn macht. Het ziet er slecht uit totdat vier ongewone broers ontdekken dat zij als Teenage Mutant Ninja Turtles terug kunnen vechten. De Ninja Turtles moeten samenwerken met de stoere reporter April O'Neil en haar bijdehante cameraman Vern Fenwick om de stad te redden en het duivelse plan van Shredder te ontrafelen.