Priester Andrew Kiernan wordt door het Vaticaan naar Brazilië gestuurd om onderzoek te doen naar een bloed huilend Mariabeeld. Intussen vertoont Frankie Page, een jonge atheïstische kapster, op een dag voor het eerst de tekenen van de stigmata, de wonden van Christus. Priester Kiernan vertrekt naar Amerika om zich te ontfermen over het meisje. Aanvankelijk twijfelt hij aan de echtheid van de wonden aangezien de stigmata nooit voorkomen bij niet-gelovige mensen. Wanneer de tekens echter duidelijker worden, beseft Kiernan dat hij te maken heeft met onverklaarbare krachten die hem rechtstreeks confronteren met zijn geloof.