Na een explosie op hun planeet hebben de Klingons nog maar vijftig jaar de tijd voordat hun ozonlaag volledig is vernietigd en zij zullen uitsterven. Ze hebben slechts één keuze: zich aansluiten bij de Federation. De ooit zo onwaarschijnlijke vrede komt in zicht en ironisch genoeg is kapitein James T. Kirk de eerste die als vredesgezant op pad wordt gestuurd. Maar alle hoop vervliegt als de USS Enterprise en haar bemanning betrokken lijken te zijn bij de brute moord op een Klingon-diplomaat. Kapitein Kirk en dokter McCoy worden gevangen gezet en een totale oorlog tussen beide werelden lijkt onafwendbaar.