De Enterprise is beschadigd en moet naar de thuishaven om gerepareerd te worden. Daar krijgt de bemanning te horen dat een Vulcan, genaamd Sybok, een aantal ambassadeurs heeft gegijzeld op de planeet Nimbus III. De Enterprise probeert de gegijzelden te redden maar wordt zelf gevangen genomen. Sybok neemt kapitein Kirk en diens bemanningsleden mee op een reis naar het centrum van het heelal. De bedoeling is om het Supreme Being te vinden op de planeet Shaka-Ri. Dit is niet het enige probleem waar Kirk mee te kampen heeft. Hij wordt achternagezeten door een Klingon die naam wil maken door de legendarische kapitein te vermoorden.