Wanneer een onbekend buitenaards fenomeen enkele Klingonschepen vernietigt, gaat kapitein James T.Kirk terug aan boord van het vernieuwde ruimteschip de Enterprise om op onderzoek uit te gaan. Samen met Spock, dokter McCoy en de rest van de bemanning gaat de Enterprise op weg om te voorkomen dat de aliens de aarde bereiken. Het is echter al drie jaar geleden dat Kirk de Enterprise voor het laatst leidde. Is hij wel geschikt voor deze missie?