In de nasleep van Spocks zelfopoffering verlaat de bemanning van de USS Enterprise de zojuist geformeerde Genesis-planeet en keert terug naar de aarde. Thuis blijkt het leven echter ook niet gemakkelijk te zijn: Scotty wordt overgeplaatst, dokter McCoy lijkt krankzinnig te worden en de Enterprise wordt aan de ketting gelegd. Pas als kapitein Kirk de vader van Spock ontmoet, beseft hij dat hij het leven van zijn oude vriend misschien toch nog kan redden. Maar daarvoor moet de bemanning wel de confrontatie met de Klingons overleven en terugkeren naar de Genesis-planeet.