Het is de 23e eeuw. Het ruimteschip Enterprise voert een routine training uit. Kapitein James T. Kirk legt zich langzaam neer bij de gedachte dat deze missie wel eens de laatste reis van zijn carrière kan zijn, maar dan keert de boosaardige Khan terug. Samen met zijn verbannen groep van genetische supermannen heeft Khan het ruimtestation Regula One verwoest. Hij heeft een geheimzinnig apparaat gestolen, genaamd Project Genesis. Op een gestolen ruimteschip van de Federation plant hij de meest dodelijke val voor zijn oude aartsvijand Kirk. Onbekend met de kracht van Project Genesis bestaat de kans dat hij de wereld vernietigt.