Twee jaar na het opdoeken van Mystery Inc. - het gevolg van een interne strijd - worden Scooby-Doo en zijn pientere speurneusvrienden Fred, Daphne, Shaggy en Velma elk afzonderlijk naar Spooky Island ontboden. Spring Break, de ultrahippe trekpleister van het eiland, wordt namelijk geteisterd door onverklaarbare, griezelige gebeurtenissen. Dat is niet naar de zin van eilandeigenaar Emile Mondavarious, die vreest dat de jongeren Spooky Island voortaan links zullen laten liggen. Hij wil dat de wijs- en speurneuzen hun krachten opnieuw bundelen om het mysterie te ontrafelen... Maar kunnen Scooby en zijn vrienden hun ruzies bijleggen om samen nepspoken en valse monsters te lijf te gaan? Kunnen ze het raadsel oplossen, zichzelf en wie weet zelfs de wereld, redden?