Na 46 prototypes is Agent 47 de perfecte moordmachine, gemaakt in een geheim experiment met genetische manipulatie. 47 heeft ongekende kracht, snelheid, uithoudingsvermogen en intelligentie. Hij weet al zijn doelwitten uit te schakelen, en zijn nieuwste doelwit is het bedrijf dat het geheim van het experiment wil achterhalen. Samen met een jonge vrouw begint hij een intens gevecht met zijn dodelijkste vijand.