n deze film, neemt het G.I. Joe team het tegen twee dreigingen op. Allereerst is er natuurlijk Cobra, de aartsvijand van de Joe’s. De Cobra Commander is vrijgelaten, en wordt ditmaal bijgestaan door Zartan, Storm Shadow en Firefly. Zartan - die zich nog altijd voor doet als de Amerikaanse President - weet het G.I. Joe team als verraders af te schilderen en roeit de meesten van hen uit. Het is aan een klein groepje Joe’s, onder leiding van Duke om een tweede Amerikaanse revolutie te beginnen en de zaken weer allemaal recht te zetten...