Wanneer Chloe een verwoestende nieuwe superkracht ontwikkelt, stuurt de Heldenliga haar naar een elite kostschool voor superhelden om te leren haar krachten te beheersen. Geconfronteerd met het vooruitzicht Chloe jarenlang weg te sturen, vallen de Thundermans uiteen. Phoebe, Barb en Billy nemen haar mee en laten haar onderduiken. Max, Hank en Nora gaan op zoek naar hun afvallige familieleden, totdat de twee facties lijnrecht tegenover elkaar komen te staan in een regelrechte strijd om de toekomst van de Thundermans.