In Boys in the Trees maken we kennis met Corey en Jonah; ooit beste vrienden, maar op de middelbare school komen ze in verschillende groepjes terecht en zijn ze uit elkaar gedreven. Jonah hoort bij het groepje minder populaire jongens en wordt gepest. Corey heeft hem meteen laten vallen en is inmiddels leider van zijn eigen coole groepje. Maar als ze met Halloween ’s nachts op elkaar aangewezen zijn om terug naar huis te komen gaan de twee tieners, die ooit beste vrienden waren, samen op pad. Tijdens hun toch proberen ze elkaar bang te maken, dat alles er nog griezeliger op maakt.