Wanneer een nieuwe dreiging in Gotham City alle experimentele technologie begint te stelen, staat Batman klaar om in te grijpen. Maar de zaak heeft ook de aandacht getrokken van een team krijgers onder de grond: de Teenage Mutant Ninja Turtles. Leider Leonardo en zijn broers, de slimme Donatello, onbevreesde Raphael en humoristische Michelangelo, zijn mysterieuze martialartsvechters die het pad van de Dark Knight zullen kruisen.