De bemanning van de Enterprise wordt teruggeroepen naar aarde, waar blijkt dat het hoofdkwartier van Starfleet is vernietigd door een onstuitbare bedreiging vanuit hun eigen organisatie. Captain Kirk leidt de klopjacht op de levensgevaarlijke dader, met wie hij nog een persoonlijke rekening te vereffenen heeft. Er volgt een groots strategisch schaakspel op leven en dood. Liefdesrelaties en vriendschappen komen onder druk te staan en offers moeten worden gemaakt voor de enige familie die Kirk nog heeft: zijn bemanning.